עם התרת הפרסום על כך שישראל היא העומדת מאחורי תקיפת הכור הגרעיני הסורי בדיר א-זור ב-2007, התייחסו שרי הממשלה בעת המבצע לתחושות וגם לוויכוחים בתוך מערכת הבטחון אז. ההתבטאויות מגלות מתח שהתקיים בין חברי הקבינט המדיני-בטחוני, בעיקר סביב השאלה האם לדחות את המבצע כדי לשפר את תכניות התקיפה, כפי שדרש שר הבטחון אהוד ברק שנכנס לתפקידו כחודש וחצי לפני התקיפה, מול הסיכונים שבדחייה כזו ודרישה לפעול מהר, קו אותו הוביל ראש הממשלה דאז אהוד אולמרט. בפרסומים שונים בתקשורת האשימו מקורבים לרה"מ דאז אהוד אולמרט ושר הבטחון לשעבר עמיר פרץ כי מאחורי הדחייה עמד שיקול לא ענייני – רצונו של ברק להמתין שאולמרט יפרוש מראשות הממשלה, ואז כביכול יעמוד הקרדיט על המבצע לזכותו בלבד.
מנגד אמר ברק אתמול (רביעי) כי דרישתו לעכב את ביצוע התקיפה כדי לשפר את התכניות יצרה "אווירה של היסטריה" במהלך דיוני הקבינט, אותה הוביל ראש הממשלה אולמרט. בראיון לגלי צה"ל אמר ברק כי "באחד מדיוני הקבינט תוארו במונחים אפוקליפטיים התוצאות האפשריות, שחלילה כתוצאה מהדרישה שלי להתאפק עד שיש לנו את התכניות האלה מוכנות, חלילה הכור יהיה חם". ברק אמר כי "אולמרט הוא מקור האווירה הבהולה".
ברק הוסיף כי "הנכונות לדחות את הביצוע בעוד חודשיים היתה סיכון מחושב נכון, כי הסיכון היה כל הזמן שבאיזשהו שלב במהלך הדרך זה ידלוף ויניע פעולה עוד יותר מהירה, חשופה, ויכול להיות שיותר מסוכנת. במובן הזה, הסיכון המחושב הזה צלח". עם זאת, אמר ברק כי "הדחייה היתה תוצאה של ההנחיה שלי, מי שעשה את העבודה זה גורמי המטכ"ל, מהרמטכ"ל, חיל האוויר, אמ"ן וכל הגורמים האחרים שבתמונה, וגם אולמרט כראש הממשלה, עם כל הביקורת שיש לי עליו".
גם שר הביטחון אביגדור ליברמן, שהיה בעת התקיפה השר לעניינים אסטרטגיים וחבר הקבינט המדיני בטחוני, התייחס למאבקים בתוך הממשלה: "היום כבר אפשר לגלות מה עשינו בקבינט בספטמבר 2007. היו מי שדחפו והיו מי שהיססו. ההחלטה ההיסטורית והאמיצה שקיבלנו, הוכיחה אז כמו היום, שבנושאים של ביטחון לאומי אסור להירתע. יש לדבוק באינטרסים לאומיים, לקבל החלטות ולפעול כשצריך. תנסו לדמיין מה היה קורה אם לא היינו פועלים. היינו מקבלים סוריה גרעינית. המוטיבציה של אויבנו התגברה בשנים האחרונות, אך גם עוצמתו של צה"ל. חיל האוויר ויכולות המודיעין התעצמו והורחבו בסדרי גודל, בהשוואה ליכולות שהיו לנו ב-2007. את המשוואה הזאת כדאי לכל אחד במזרח התיכון להפנים."
שר הביטחון לשעבר, ח״כ עמיר פרץ, שהוביל את התכניות הראשונות להפצצת הכור, כתב הבוקר בעמוד הפייסבוק שלו כי "השמדת הכור הגרעיני בסוריה היא פרק חשוב בתולדות המדינה ומערכת הביטחון הישראלית. אני גאה על ההזדמנות שהייתה לי להשתתף בתכנון המודיעיני, המבצעי והמדיני של תהליך כה מורכב ורגיש עם מפקדי צה״ל, טייסי חיל-האוויר, הלוחמים האמיצים ביחידות המיוחדות ולוחמי המוסד שעשו מלאכתם נאמנה.
פרץ הוסיף: "ניגשנו אל המהלך הצבאי עם תחושת אחריות כבדה וביסודיות כשלנגד עינינו עמד רק בטחון המדינה ואזרחיה. על כך ועל שיתוף הפעולה ההדוק אני מביע הערכה לראש הממשלה לשעבר אהוד אולמרט. הובהר שמדינת ישראל לא תעמוד חסרת אונים ותבצע בעצמה כל פעולה שתידרש להסיר איום קיומי מעל ראשנו."
ציפי לבני, שהיתה במהלך התקיפה שרת החוץ ומ"מ ראש הממשלה, אמרה אתמול כי "גם 11 שנה אחרי, זוכרת את הרגעים שישבנו שם, יחד עם הרמטכ״ל ומפקד חיל האויר בבור הפיקוד בקריה, מקשיבים לדיווחים על התקדמות המבצע, מעודכנים שהכור חוסל, מחכים שמטוסינו יחזרו בשלום ומקווים שעם ישראל יוכל להמשיך לישון בשקט. כשיצאתי באמצע הלילה מהבור לאחר שהסתיימה התקיפה והסתכלתי על שמי תל אביב חשבתי שיכול להיות שעם ישראל יתעורר למלחמה בלי לדעת למה, אבל היה ברור שזה היה המעשה הנכון, שהיינו צריכים לפעול ועשינו הכל כדי להקטין הסיכון שנידרדר למלחמה כוללת."
לבני הוסיפה כי "התקיפה היא מההחלטות הביטחוניות והאסטרטגיות החשובות והמוצדקות שקיבלה ישראל בעשורים האחרונים. מצער שהחשיפה מלווה בויכוחים אישיים בין ראש מממשלה לשר הביטחון. אפשר פשוט לפרגן לכל מי שהיה שותף. לראש הממשלה שהוביל, לשני שרי הביטחון עמיר פרץ ואהוד ברק, לצה״ל כמובן ולכל המערכות שעבדו בשקט ובמקצועיות, בלי פטפטת, בלי יחסי ציבור ועם המון אחריות ושיקול דעת. הייתה לי הזכות להיות שותפה."
ראש הממשלה בנימין נתניהו, שבעת התקיפה היה יו"ר האופוזיציה, אמר אתמול כי "ממשלת ישראל, צה"ל והמוסד מנעו מסוריה לפתח יכולת גרעינית. הם ראויים לכל הערכה על כך. המדיניות של ישראל הייתה ונשארה עקבית – למנוע מאויבנו להתחמש בנשק גרעיני".