לפי כתב האישום המתוקן נגד הרב הראשי לשעבר, יודה מצגר בביצוע עבירות שוחד, מרמה, ומס בעת שכיהן בתפקידו וכן עבירת שיבוש מהלכי משפט. לפי כתב האישום קיבל הרב שוחד בסך כולל של כ-5 מיליון שקלים ומתוכם נטל לכיסו סך של כ-3 מיליון שקלים, לאחר שהתחלק בכספי השוחד עם נהגו, ששימש כשליחו לקבלת כספי העבירות. הסדר הטיעון צריך עוד לעבור את אישורו של שופט בית המשפט המחוזי בירושלים, משה יועד הכהן, שיחליט אם לאשרו.
בכתב האישום המקורי, שהוגש באוקטובר 2015, נאשם מצגר כי קיבל 8 מליון שקלים, על שמונה פרשות – אך בעקבות הסדר הטיעון האישומים שונו. עורכי הדין של מצגר, שטענו כי מעשיו לא היו פליליים, אמרו אתמול, "הרב יונה מצגר, שעה לעצתנו וחתם על הסדר הטיעון, במסגרתו כתב האישום תוקן בצורה ניכרת".
במהלך שנות כהונתו כרב הראשי לישראל, ביצע מצגר עבירות רבות ובהן לקיחת שוחד, קבלת דבר במרמה, ועבירות מס, תוך שהוא פועל במסגרת תפקידו ומנצל את מעמדו הרם. כמו כן במהלך חקירת התיק ביצע הרב מצגר עבירות של שיבוש מהלכי משפט.
כתב האישום כולל שישה אישומים בהם מואשם הרב מצגר – 'פרשת הגיורים', בה קיבל מצגר טובות הנאה כשהפנה בעלי ממון שרצו להתגייר לרב גבריאל כהן, בינהם היה הסכם כי מצגר יקבל מחצית מהסכום אותו ישלמו המתגיירים. הפרשות הנוספות הן -'פרשת אשכול העמותות', שוחד שלקח מצגר במהלך כהונתו כרב ראשי, קבלת דבר במרמה ממוסד תורני. באישום השישי נאשם הרב מצגר בשיבוש הליכי משפט בשתי הזדמנויות שונות, בהן פנה הנאשם לעד שהפליל אותו והפציר בו לדבוק בגרסה לפיה הנאשם לא ביצע כל עבירה, בכוונה להכשיל את ההליך השיפוטי שהתנהל נגדו.
שר החינוך נפתלי בנט, הגיב אמש בחריפות לאישומים כלפי מצגר
פעולותיו של מצגר הן עבירות פליליות ומוסריות עבור כל שליח ציבור, וכשמבוצעות על ידי רב ראשי הן מהוות חילול השם חמור.>>
— Naftali Bennett בנט (@naftalibennett) January 24, 2017
מצגר בן ה-64 יליד חיפה, היה הרב הראשי האשכנזי במשך עשר שנים, בין השנים 2003-2013. מצגר גדל בבני עקיבא, שירת בחיל השריון, כתב ספרים רבים ושירת כרב בת"א. למצגר שישה ילדים מאשתו עפרה.
