ישראל החזירה את שגריר ישראל ממצרים מסיבות בטחוניות, כך נמסר לעיתון 'הטלגרף' הבריטי ע"י בכיר ישראלי. עפ"י הדיווח השגריר, דוד גוברין הוצא ממצרים בסוף שנת 2016, בעקבות התראות ביטחוניות. לפניית העיתון, השב"כ אישר את הידיעה, "בשל שיקולים ביטחוניים, הוגבלה חזרת צוות השגרירות של משרד החוץ לקהיר". דובר משרד החוץ, עמנואל נחשון, סרב להתייחס. עוד דווח כי השגריר גוברין, שהחל את כהונתו בחודש אוגוסט אשתקד, ממשיך במילוי תפקידו מירושלים, וכי ממשלת ישראל מקווה כי ישוב בקרוב למצרים.
ישראל ניצבת בפני אתגרים ביטחונים ביחס לעבודת השטח הדיפלומטית במצרים. בשנת 2011, עמדה שגרירות ישראל במצרים תחת התקפה של אלפי מפגינים מצריים, שהצליחו לחדור לבניין השגרירות, לבזוז ולהרוס אותה, בעוד 6 אנשי ביטחון נצורים בתוך חדר ביטחון, כשקיים חשש ממשי לחייהם. לבסוף, לאחר התערבות ישירה, מיידית ותקיפה של נשיא ארה"ב לשעבר, ברק אובמה, הגיעה יחידה מיוחדת מצרית לחלץ את הנצורים.
באותם הימים, ישראל ומצרים היו מצויות בשפל יחסים בעקבות הפיכת השלטון במצרים על-ידי תנועת האחים המוסלמים, והדחת נשיא מצרים חוסני מובארכ. מאז המקרה, השגרירות הישראלית נמצאת במבנה קטן בדרום קהיר, אשר הרחובות סביבה חסומים ומאובטחים בכבדות על-ידי הצבא המצרי. בעוד שגרירי מדינות אחרות יכולים לנוע בחופשיות יחסית בקהיר וסביבתה, המשלחת הישראלית נעה לכל מקום בליווי בטחוני כבד.
אלי שקד, לשעבר שגריר ישראל במצרים בשנים 2003-2005 אמר לטלגרף כי, "היו ימים בהם הוזהרנו מפעולה אפשרית נגדי או נגד הצוות או נגד השגרירות אך תמיד יכולנו להשאר במצרים." והוסיף, "אז זה היה שונה. היום הבעיות הבטחוניות קשוחות יותר."
