הודעת הפרקליטות אמש (שני) סמוך לשעה 20:00 בערב הייתה צפויה מזה זמן: "הרינו להודיע", נאמר בהודעה "כי פרקליט המדינה החליט היום, על דעת היועץ המשפטי לממשלה, להורות על מעבר מבדיקה לחקירה ב'פרשת כלי השיט'".
עוד נאמר בהודעה כי "ההחלטה התקבלה על רקע המידע שנאסף על ידי המשטרה במסגרת הבדיקה שהתנהלה בחודשים האחרונים ולאור איסוף ראיות שהעלו חשד סביר נגד חלק מהמעורבים בפרשה לביצוע עבירות מתחום השחיתות הציבורית".
ההודעה כללה גם התייחסות ישירה לראש הממשלה והבהרה כי "למען הסר ספק וכדי למנוע פרסומים שגויים נציין, כי על פי ממצאי הבדיקה עד כה, ראש הממשלה איננו בין החשודים בפרשה". מטבע הדברים במחוזותינו, תומכי נתניהו הדגישו לאחר ההודעה את העובדה שאינו בין החשודים, בעוד מתנגדיו הדגישו את המלים "עד כה", בהודעת הפרקליטות.
ההערכה היא כי המעבר ל"חקירה" מ"בדיקה" נדרש לצורך ביצוע פעולות כמו תישאול נחקרים באזהרה, תפישת מסמכים ואולי גם פעולות חקירה נוספות. אולם יש לציין כי המשטרה עוסקת בבדיקה של הפרשה, אשר זכתה גם לשם "תיק 3,000" (בהמשך לתיק 1,000 – פרשת טובות ההנאה שרה"מ קיבל לכאורה מאנשי עסקים שונים ותיק 2,000 – פרשת מוזס-נתניהו), מזה מספר שבועות או חודשים. על פי פרטי מידע שפורסמו לאחרונה, בין היתר גם אתמול ב"קול ישראל", המשטרה כבר "תשאלה" עשרות אנשים ותפסה מסמכים בארץ ואף בחו"ל.
האוזן הציבורית כבר התרגלה אמנם למושג "בדיקה" המקדים את "החקירה" אך יש לציין כי מדובר בנוהג שאינו מעוגן בחקיקה או בדרכי הפעולה המקובלות של המשטרה. המושג "בדיקה" נולד בשנים האחרונות על מנת לאפשר למקבלי ההחלטות בייעוץ המשפטי ובפרקליטות מעין אורכה לבדוק חשדות מבלי לפתוח באופן רשמי ב"חקירה". מבקרי הפרקליטות טוענים כי התנהגות זו פסולה ומראה על טיפול בכפפות של משי בנחקרים בעלי פרופיל ציבורי גבוה. המצדדים בבדיקות מבהירים כי באקלים הציבורי של ימינו עצם ה"חקירה" נתפשת לעתים כהרשעה במישור הציבורי.
פרשת כלי השיט החלה להיחשף לפני כשלושה חודשים על ידי העיתונאי רביב דרוקר בערוץ 10. אז פורסמה העובדה כי עו"ד דוד שמרון, עורך דינו האישי של ראש הממשלה נתניהו וקרוב משפחתו, ייעץ לנציג הישראלי של תאגיד טיסנקורפ הגרמני, אשר זכה במכרז לספק צוללות לחיל הים הישראלי, והיה מעוניין גם לתחזקן. החשיפה עוררה גל של גילויים נוספים וחשדות ובין היתר עלתה השאלה האם עצם רכישת הצוללות על ידי חיל הים, ורכישת כלי השיט שאמורים לאבטח את אסדת הגז של ישראל, הייתה על דעת הגורמים הביטחוניים המוסמכים.
לא ידוע האם בשלב זה עו"ד שמרון הינו במעמד של חשוד בפרשה. עם זאת, ההערכות המקובלות שהתפרסמו עד כה הן כי שורה של בכירים בחיל הים ובמשרד הביטחון צפויים להיחקר בחשד לשחיתות – יתכן שוחד, או קבלת טובות הנאה – בתהליך הרכש. יצויין כי התאגיד טיסנקורפ הגרמני תועד זה מכבר מפעיל רשת שוחד בינלאומית לצורך השפעה על מקבלי החלטות בדרגים שונים ברחבי העולם.
אם יתברר כי יש ממש בחשדות הרי שמדובר כנראה בפרשת השחיתות הבטחונית החמורה בתולדות ישראל, אם כי לא הראשונה. היבטים שונים בפרשה כבר מזכירים את פרשת רמי דותן, מי שהיה אחראי על רכש בחיל האוויר בשנות ה-80', והגיע עד דרגת תת-אלוף והיה ראש להק ציוד בחיל. דותן הואשם והורשע בקבלת שוחד והטיית מכרזים ובגניבה של מיליוני שקלים. בעקבות מעשיו נכלא נשפט דותן לכ-13 שנים בכלא הצבאי.
