המדינה תצרף חוקר בכיר כחבר בצוות שמינה ראש הממשלה, בנימין נתניהו, לבחינת העברת מכון וולקני לצפון הארץ. בכך, נעתרה לדרישת ההסתדרות וחוקרי המכון בבג"ץ. הרכב הצוות המקורי, לא כלל נציגות חוקרים כלל. כמו כן, הורתה השופטת אסתר חיות למדינה לבחון את המלצות הצוות במשולב עם דו"ח המועצה הלאומית למחקר ולפיתוח אזרחי (מולמו"פ), השולל את העברת המכון וקובע כי היא תפגע במחקר החקלאי בישראל.
"יש יותר מכלכלן אחד, נכון? כמה כלכלנים יש שם? אני מבינה כי פרופ' שמחון כלכלן, מר אדירי הוא מאגף התקציבים. מהי הדיסציפלינה שאנשים באים ממנה"? תהתה השופטת דפנה ברק ארז על הרכב הצוות, "איך זה שאין איש מחקר ואף לא אחד? הרי לא רק שנפקד מקומו של איש מחקר ומדע, אלא שלמעשה חלק מהצוות הוא מוגבר. מה המסר שעולה מן הדברים?". לשאלתה השיבה עו"ד בוכמן שינדל, באת כוח המדינה, כי מנכ"ל משרד החקלאות והכלכלן פרופ' אבי שמחון, שהוא חבר סגל במחלקה בפקולטה לחקלאות, היה בין חברי הצוות, וכן כי ראש המכון פרופ' אלי פיינרמן מונה למשקיף בצוות – אולם השופטת חיות לא שבעה רצון והבהירה כי למשקיף אין משקל בקבלת ההחלטות.
חיות הציעה למדינה לשקול למנות חוקר לצוות, ולאחר הפסקה, קיבלה המדינה את ההצעה, אולם הבהירה כי לא תהיה מוכנה למיניו של פיינרמן לתפקיד, שכן עמדתו בנושא ידוע ונגועה, לטענתה, באינטרסים. לכך השיבה השופטת חיות כי "אפשר לומר, כי למנכ"ל משרד החקלאות או לכל גורם אחר יש נטייה לכיוון כזה או אחר? הרי ההמלצה להעתקה יצאה ממשרד החקלאות. באותה מידה אפשר לומר כי גם לו יש דעה".
לאחר הפסקה נוספת, הציעה המדינה את מינויו של פרופ' שמואל וולף, דיקן הפקולטה לחקלאות של האוניברסיטה העברית בירושלים, דמועמדותו הייתה מוסכמת גם על ידי ההסתדרות והחוקרים. חשוב לציין כי המנדט של הצוות הוא להגיש מסקנות המקובלות על כלל חבריה פה אחד – ולפיכך לעמדתו של פרופ' וולף יהא משקל גבוה במסקנות שיתקבלו.
השופטת חיות התייחסה במהלך הדיון גם להמלצות המולמו"פ, הקובעות באופן חד משמעי כי תהליך העתקה חד ומהיר של מכון וולקני לצפון טומן בחובו סכנה להמשך קיום מחקר חקלאי מתקדם במדינת ישראל בשנים הקרובות, ולכן יש להימנע ממנו. לדבריה, ככל שהמלצות הצוות יהיו שונות מאלו של המולמו"פ "צריך להיות ברור כי המלצות אלה חיות אחת לצד השנייה והן צריכות להיבחן במשולב על ידי הממשלה. אין להתעלם מהדוח, הוא קיים וחשוב. הדברים צריכים להישקל במשולב".
חרף דבריה אלו, דחתה השופטת את דרישת ההסתדרות והחוקרים לבטל את צוות הבדיקה שמינה ראש הממשלה כליל.
