ממשלת גרמניה החלה להפעיל תוכנית בשם "המדינה שלך, העתיד שלך, כעת!" במסגרתה תעניק הממשלה סכום של עד אלף יורו לכל מהגר שבקשת המקלט שלו נדחתה בחודשים האחרונים על ידי הרשויות הגרמניות, על מנת שיסכים לחזור למולדתו. משפחת מהגרים שבקשתה לקבלת מקלט בגרמניה נדחתה, תוכל לזכות במענק של עד 3000 יורו במטרה שתחזור למולדתה. התוכנית אמורה לפעול עד לחודש פברואר הקרוב, ובממשלת גרמניה מקווים כי היא תסייע להפחית בצורה משמעותית את מספר המהגרים שבקשתם לקבלת מקלט בגרמניה נדחתה אולם הם עדיין שוהים במחנות פליטים ארעיים בתחומי גרמניה.
מלבד המענק הכספי, עשויים חלק מהמהגרים ליהנות גם מסיוע בשכר דירה, עזרה בשיפוצים או בקבלת ציוד בסיסי לביתם החדש, על מנת לשכנע אותם לחזור למדינתם ולהשתלב מחדש בחברה. חלק מהמהגרים יוכלו גם לבקש מענק כספי חד פעמי נוסף, בתמורה להתחייבות לעזוב את גרמניה ולחזור למדינתם. בשיא משבר ההגירה בשנת 2015, אמרה הקנצלרית אנגלה מרקל כי היא מתכוונת "להוציא מתחומי גרמניה בצורה ידידותית את המהגרים שבקשתם נדחתה", ובחודשים האחרונים נפתחו במדינה "מרכזי ייעוץ וסיוע" עבור אותם מהגרים לא מורשים, שם הם יכולים לקבל תמיכה וייעוץ לקראת חזרתם למדינתם המקורית.
על פי נתונים שפירסמה לשכת הסטטיסטיקה הפדרלית בגרמניה, עמד בסוף שנת 2016 מספר מבקשי המקלט במדינה על 1.6 מיליון בני אדם, מתוכם נדחו בקשות המקלט של 158 אלף מהגרים. מרבית בקשות המקלט, 872 אלף, נענו בחיוב והמהגרים קיבלו אשרת שהייה על בסיס הומניטרי, אולם עבור חלקם הגדול זו היתה אשרת שהייה זמנית בלבד. כיום עומדות עדיין 573 אלף בקשות מקלט בפני בחינה של הרשויות הגרמניות.
גל ההגירה העצום לגרמניה הביא לכך שהרשויות הגרמניות מעבדות את בקשות המקלט באופן המהיר ביותר מבין כל מדינות האיחוד האירופי. במחצית הראשונה של שנת 2017 עיבדו הרשויות הגרמניות כמות של 388,201 בקשות מקלט, מספר גבוה יותר מאשר בכל 27 מדינות האיחוד האירופי האחרות גם יחד. מרבית מבקשי המקלט בגרמניה, 455 אלף בני אדם, הגיעו מסוריה, כאשר גם מאפגניסטן ועיראק נרשמו מספרים גבוהים במיוחד של מהגרים המבקשים להיכנס למדינה.
הסירוב של הממשלה בברלין להעניק אישורי כניסה למאות אלפי מהגרים גררו גם עשרות אלפי ערעורים שהוגשו לבתי המשפט המקומיים, מה שמסרבל מאוד את עבודתם של בתי המשפט בגרמניה כיום. כמעט מחצית מבקשות המקלט שסורבו הגיעה אל בית המשפט לאחר שהוגש ערעור על ידי המהגר. רשת הטלויזיה הממלכתית NDR דיווחה כי עלות ההוצאות לממשלת גרמניה סביב הדיונים והערעורים עומדת על 19 מיליון יורו מאז תחילת שנת 2017, עלייה של 7.8 מיליון יורו לעומת השנה הקודמת.
בינתיים נאלצת ממשלת גרמניה להתמודד גם עם מכשול נוסף בנסיון הכמעט נואש להחזיר את המהגרים הלא מורשים אל מדינותיהם. על פי דו"ח חדש שפירסמה הממשלת הגרמנית, טייסים רבים בחברות התעופה המקומיות מסרבים להטיס את "טיסות גירוש" המהגרים חזרה לארצותיהם. על פי הדו"ח שנחשף בימים האחרונים, לפחות 222 טיסות שאמורות היו להוביל מהגרים לא מורשים אל מחוץ לגרמניה בוטלו בחודשים האחרונים, לאחר שהטייסים סירבו להטיס אותם. במרבית המקרים נימקו הטייסים את החלטתם במניעים הומניטריים.
מדובר בעיקר בטייסי חברת התעופה הלאומית "לופטהנזה" ובחברת הבת שלה "Eurowings". מרבית "טיסות הגירוש" שבוטלו, 140 במספר, היו אמורות לצאת משדה התעופה הגדול בפרנקפורט, כאשר עוד 40 טיסות היו אמורות לצאת מדיסלדורף שם מתקיימות בדרך קבע הפגנות של ארגוני זכויות אדם נגד גירוש המהגרים ונגד "טיסות הגירוש". גם חברות תעופה נוספות, בהן חברות זרות, שאמורות היו להוציא טיסות של מהגרים לא מורשים מתחומי גרמניה חזרה אל מדינותיהם נתקלו בקשיים, לאחר שטייסים רבים הודיעו כי הם מסרבים להטיס את "טיסות הגירוש" בעיקר אל מדינות המזרח התיכון או אפריקה.