ארגון הטרור חמאס, השולט ברצועת עזה, מעודד ושולח מטעמו מפגינים לגזרת הגדר, למטרת פעילות אלימות ופגיעה בתשתיות הביטחון, כך פירסם אתמוך (שני) שירות הביטחון הכללי בעקבות חקירתם של מסתננים שחדרו לישראל מעזה ונעצרו. בשב"כ מוסיפים כי מהחקירות עולה כי איראן מעבירה מימון עבור חמאס, למטרת הפעילות האלימה בגזרת הגדר ברצועת עזה, אך לא הציגו הוכחות נוספות לנושא.

בתאריך 29/4/18, צה"ל סיכל שלושה ניסיונות חדירה שונים ועצר שישה חשודים. בהודעת השב"כ נכתב כי אחד מהעצורים הוא יחיא עיג׳לה, בן 19, תושב העיר עזה, פעיל בארגון הטרור חמאס, שעשה דרכו לישראל לצורך גניבת מצלמת אבטחה וכן לצורך חיתוך הגדר לאורך רצועת עזה. במסגרת חקירתו עלה כי חמאס מתדרכת את פעיליה לחתוך את הגדר ולגנוב את מצלמות האבטחה על מנת לסייע במשיכתה והפלתה של הגדר וכן כדי לשבש את פעילות צה"ל לקראת "יום הנכבה".

לדברי שב"כ, ארגון החמאס ברצועה דואג כי הפעילות תשוקף לתקשורת כהתקוממות עממית ולא כפעילות אלימה המובלת על ידי פעיליו, המוטמעים בין אזרחי רצועת עזה, לוקחים חלק פעיל בפעילויות המחאה האלימות לאורך הגדר בכל ימי השישי ונושאים עמם בקבוקי בנזין, סכין ומספרי ברזל או קאטר. תפקידי פעילי החמאס בפעילויות אלו הוא לספק צמיגים לאזרחי רצועת עזה ולסייע בהבערתם, במטרה ליצור מסך עשן סמיך ככל שניתן, להתסיס את תושבי הרצועה ושכנעם לחדור לתוך שטח ישראל, לסייע בידויי בקבוקי תבערה ולהכין את עפיפוני תבערה. עוד עלה מחקירתו של עיג'לה כי קיים איסור לפעילי הטרור של חמאס עצמם להתקרב לגדר, מחשש כי ייהרגו או ייתפסו על ידי כוחות צה"ל, אלא אם הגדר נופלת ואז עליהם להיכנס חמושים לישראל בחסות ההמון ולבצע פיגועים.

מסתנן פלסטיני נוסף, סלים אבו דאהר, תושב רצועת עזה, סיפר בחקירתו כיצד פעילי חמאס לבושים בגדים אזרחים מספקים חומרי תבערה. ב-28/4/18 נעצר אבו דאהר, בן 21, תושב רצועת עזה אשר חדר לישראל במטרה לשרוף שדות וחורשות. מחקירתו בשב"כ עלה כי ארגון החמאס מממן את הפעילות האלימה, במסגרתה נשלחים עפיפוני תבערה לעבר שטחי ישראל. נחקר נוסף ששמו לא פורסם סיפר בחקירתו כיצד חמאס מעודדת ילדים ונערים לחצות את הגדר. באירוע שהתרחש ביום 4.5.18, נפצע נער בן 13 עת לקח חלק בחדירה לשטח ישראל לטובת גניבת מצלמת אבטחה במעבר קרני, מזרחית לעיר עזה. מהשב"כ נמסר כי "מדובר בעדות לניצול הציני של ילדים ואזרחים תמימים ע"י חמאס, תוך סיכון חייהם, לצרכי השחתת וגניבת ציוד ותשתיות אזרחיות וביטחוניות בשטחה הריבוני של מדינת ישראל".