שר הביטחון לשעבר, משה (בוגי) יעלון יוצא במתקפה פומבית על ההתנהלות בחקירת ראש הממשלה בפרשת הצוללות. במכתב ששלח אמש (ראשון) ליועץ המשפטי לממשלה, מפרט יעלון שורת שאלות העולות לטענתו ממצאי החקירה והמלצות המשטרה. במכתבו קובל יעלון על השיהוי בפתיחת החקירה ועל ההנחיות של היועמ"ש למשטרה במהלך החקירה. "אופן ניהול החקירה מעלה בעיני שאלות קשות של ניסיון מכוון, שלא לחשוף את כל האמת בפרשה זו, שעוסקת בקודש הקודשים של בטחון המדינה".
במטרה מיהרו להוציא תגובה למכתבו של יעלון והבהירו: "במסגרת החקירה נגבו הודעותיהם של בכירי המדינה ומערכת הביטחון בעבר ובהווה, וכל טענה שעלתה ואשר הצדיקה העמקת הבירור – נבדקה לעומקה. אין כל שחר לטענות שמרמזות את ההיפך".
יחס עדין, ושאלות פתוחות
בהמשך המכתב מפרט יעלון את השאלות שכהגדרתו "לא נותנות לי מנוח". בין היתר שואל יעלון "מדוע מיהרת להתייחס לתחקיר העיתונאי מנובמבר 2016 באמירה ש'אין חשד לפלילים בפרשה'? מדוע היססת בפתיחה בחקירה מיד לאחר התחקיר העיתונאי ולאחר שפניתי אליך בנושא? מדוע כיוונת את "הבדיקה" למשרד הביטחון, כולל הוצאת צו חיפוש במשרד היועמ"ש של משרד הביטחון? ומדוע לא הוצאו מיד צווי חיפוש במשרד ראש הממשלה, במל"ל ובמשרד עורכי הדין שמרון ומולכו?"
בשאלותיו מצביע יעלון על יחס "עדין" אליו זכה ראש הממשלה בחקירה כשהוא שואל,"מדוע הודעת שוב ושוב, ועוד טרם הפתיחה בחקירה, על כך שראש הממשלה אינו מעורב בפרשה כאשר בידי החוקרים היו שני מסמכים המוכיחים את ההיפך? ומדוע זומן ראש הממשלה להעיד 'עדות פתוחה' בשלב כה מאוחר של החקירה, כאשר כבר בתחילתה היו בידי החוקרים מסמכים המעידים על מעורבותו האישית וחייבו 'חקירה באזהרה'?"
את שאלותיו ביחס לחקירה מסיים יעלון באמירה החמורה "ייתכן והחקירה לא הביאה לממצאים העוברים את הרף הפלילי לגבי ראש הממשלה. לנוכח שאלותי, לא השתכנעתי שהיה מאמץ בכיוון זה."
יש לציין כי יעלון שימש כשר ביטחון חודשים ספורים לפני שנחשפה פרשת הצוללות ואף נחקר במשטרה בשלבי החקירה המוקדמים. יעלון התפטר מהממשלה במאי 2016 לאחר שנודע לו על כוונת ראש הממשלה להחליפו באביגדור ליברמן. מאז התפטרותו מרבה יעלון לתקוף את ראש הממשלה נתניהו בעניין פרשת הצוללות ובעבר אף טען כי נתניהו "יעדיף טובת בצע כסף על פני אינטרסים של מדינת ישראל".
