הסתיים פינוי האזרחים במאחז הבלתי חוקי בעמונה. כעת ממתינים לכוחות המנהל האזרחי שיפנו את המבנים עצמם. על פי הודעת המשטרה, "הכוחות שהגיעו לעמונה נתקלו בכ- 300 מתפרעים שהבעירו צמיגים בכניסה למאחז, שפכו שמן על כבישי הגישה ויידו אבנים וסלעים לעבר הכוחות". באירוע נפצעו 23 שוטרים וכן לפחות אזרח אחד שפונה לבית החולים, כך על פי גורמים שונים שהיו במקום.
מעמותת חוננו נמסר כי הם מעניקים סיוע משפטי לנערים שנעצרו, וכן הם דיווחו על "שימוש פסול בגז פלפל, תקיפת נער שישב על הקרקע ע"י שוטר מג"ב באמצעות ברכיה לאשכיו והתזת גז פלפל לתוך מבנים". הם מסרו גם כי "מספר נערים פונו לבתי החולים בעקבות אלימות שוטרים". לאחר פינוי עמונה חלק מנוער הגבעות שהשתתף במחאה חסם את צומת עפרה. כאמור כוחות המשטרה תיארו אלימות קשה מצד המתפרעים במקום: יידוי אבנים והשלכת ברזלים לעבר הכוחות ש"נאלצו להשתמש באמצעים לפינוי הפגנות".
כוחות מג"ב ומשטרה החלו לפנות בוקר (חמישי) בפינוי האזרחים מהמאחז הבלתי חוקי עמונה, זאת בהתאם להחלטת בית משפט המחוזי בירושלים ועל מנת לאפשר לצה"ל ולמשרד הביטחון לפנות את המבנים והתשתיות שהוצבו במקום. הכוחות שעלו למקום נתקלו ב"אלימות קשה מאוד" מצד עשרות מתפרעים שיידו אבנים, הבעירו צמיגים והשליכו ברזלים לעבר הכוחות שביצעו שימוש באמצעים לפיזור הפגנות.
ראש המועצה האזורית מטה בנימין ישראל גנץ, הנמצא במקום, מסר כי "ראש הממשלה יכול היה בחתימה אחת שלו כשר ביטחון לתת היתר עסקה ולאפשר את השימוש בקרקע, אך הוא לא עשה זאת ובכך במו ידיו הביא לפינוי הזה".
ביום שלישי הודיעה המדינה לתושבים שעלו באופן לא חוקי למאחז כי עליהם להתפנות בתוך 48 שעות, שהסתיימו הלילה – כך עולה מתשובת המדינה לעתירה שהוגשה נגד הפינוי. בקשות לצו ביניים שיקפיאו את הפינוי נדחו על ידי בית המשפט.
המאחז עמונה פונה בהתאם לפסיקת בג"ץ בעקבות עתירה של פלסטינים, ומאז השטח הוגדר כשטח צבאי סגור. אולם לפני כשלושה שבועות הציבה מועצת בנימין שני מבנים יבילים במקום, ללא היתר. לפי הודעת המועצה, הקרקעות נרכשו כחוק, והמסמכים הועברו לאישור המנהל האזרחי. אך מסמכי הרכישה טרם אושרו ולא ניתן אישור להציב מבנים במקום המוגדר עדיין כשטח צבאי סגור.
