במאי 2018 הודיעה רשות התחרות כי לא תאשר את המיזוג מסיבה של פגיעה בתחרות בין הבנקים. "המערכת הבנקאית בישראל היא מערכת ריכוזית עם בעיות תחרותיות רבות, אחת מהן באה לידי ביטוי בחסמי כניסה גבוהים מאוד", נכתב בהחלטת מ"מ הממונה על התחרות דאז, עו"ד אורי שוורץ, "מזה עשרות שנים לא קם אף בנק חדש במדינת ישראל, ומספר הבנקים רק הלך והצטמצם. כיום נותרו בישראל שש קבוצות בנקאיות שמספקות ללקוחות פרטיים שירותי עובר ושב ושירותים בנקאיים נלווים. בנק אגוד הוא הבנק הקטן היחיד מבין שש הקבוצות האמורות".

עוד נכתב בהחלטת הרשות ממאי 2018 כי "בדיקת הרשות העלתה שהתמריצים של בנק איגוד והפעולות התחרותיות שלו שונים מאלו של חמש הקבוצות הבנקאיות האחרות. כתוצאה מהמיזוג, סביר כי האסטרטגיה הייחודית בה נוקט בנק אגוד, כבנק הקטן האחרון שנותר במערכת, שאינו בבעלות בנק אחר, תיעלם, והמחירים יעלו. לאף בנק אחר, כולל בנק מזרחי לאחר המיזוג, לא יהיה תמריץ להציע באופן כה מפורש ומובלט הצעת ערך כספית אטרקטיבית ללקוחות השוקלים לעבור בנק". סיבה נוספת להתנגדות רשות התחרות היתה האשראי שמעניקים שני הבנקים למגזר היהלומים, שאיחודם עלול היה לייקר אותו.

הנהלות מזרחי טפחות ואגוד ובעלי אגוד ערערו על החלטת הממונה בפני בית הדין לתחרות, ובתום הליך שנמשך כשנה, קבע השופט עודד שחם כי ההחלטה להתנגד למיזוג מבוטלת. על פי ההחלטה, "הגדרת השוק עליה התבסס הניתוח בהחלטת מ"מ הממונה מעוררת קשיים מהותיים, ואינה יכולה לעמוד. בחינת המעברים בין הבנקים, אשר היוותה נדבך מרכזי בהתנגדות למיזוג, מעוררת גם היא קשיים, הן במישור המושגי, הן במישור היישומי והמתודולוגי".

עוד נכתב כי "בהתחשב במאפייניו של בנק אגוד, בדרכי פעילותו, בקשיים העומדים בפניו, לרבות במישור היעילות, ובהעדר אינדיקציה משמעותית בדבר השפעה של הבנק על השחקנים האחרים בשוק, אין בסיס לקביעה כי גריעתו של הבנק צפויה לפגוע באופן משמעותי בתחרות. מסקנה זו עומדת בעינה גם לנוכח רפורמות בענף הבנקאות, המצויות בשלבי התהוות שונים. נוכח כל אלה, עמדת מ"מ הממונה, כי המיזוג מעלה חשש סביר לפגיעה משמעותית בתחרות, בכל הנוגע לסל השירותים הבנקאי, אינה יכולה לעמוד, על פי התשתית הנרחבת שהוצגה."

עם זאת קבע השופט שחם כי יש להתייחס לבעייתיות באיחוד הבנקים ביחס לאשראי במגזר היהלומים, וכי על רשות התחרות לגבש עד סוף 2019 החלטה נקודתית לעניין זה וכן לחשש תחרותי שהעלה מ"מ הממונה, בדבר דפוסי פעולתו הצפויים של בנק מזרחי אם סך נכסיו המאזניים יתקרב ל-20% מסך הנכסים המאזניים במערכת.