עד כה נפטרו ממקרים קשים של שפעת 14 חולים, 2 מתוכם ילדים. שיעור המתחסנים נגד שפעת בחורף הנוכחי גבוה בהשוואה לשנים קודמות, אך מרבית מלאי החיסונים בקופות החולים אזל והחולים ייאלצו להמתין עוד כשבוע למלאי חדש של חיסונים. לפי הדוח השבועי של האגף לאפידמיולוגיה במשרד הבריאות, נכון ל-1 בינואר 2020 התחסנו נגד שפעת 22% מכלל המבוטחים בקופות החולים, לעומת 18% בשנה שעברה ו-18.7% ב-2017.

בקרב ילדים מגיל חצי שנה עד 5 חלה עלייה משמעותית בשיעור ההתחסנות נגד שפעת: עד כה התחסנו 21.9% מהילדים בגילאים אלו, לעומת 16.7% בשנה שעברה ו-18.1% בשנת 2017. בקרב חולים כרוניים מתחת לגיל 65 התחסנו 34.7%, לעומת 33.8% בשנה שעברה ו-37.9% בשנת 2017. בקרב בני 65 ומעלה התחסנו 57.5%, לעומת 56.3 בשנה שעברה ו-58.4% בשנת 2017.

נכון ל-30 בדצמבר 2019 אושפזו 133 חולים קשים עקב שפעת, מתוכם 39 ילדים עד גיל 18. מתוך המאושפזים 14 בני אדם נפטרו, מתוכם שני ילדים.

בתחילת השבוע דיווחו קופות החולים על מחסור בחיסונים נגד שפעת. לפי הקופות, כמיליון ו-780 אלף בני אדם חוסנו (נכון ל-28 בדצמבר) וברשות הקופות נותרו רק כ-150 אלף חיסונים. ביום ראשון השבוע הורה מנכ"ל משרד הבריאות משה בר סימן-טוב לקופות החולים לרכוש חיסונים נוספים נגד שפעת, והודיע כי "עד להגעת החיסונים ימשיך המשרד לסייע לקופות בוויסות המלאים ברמה הלאומית". בקופות החולים ממליצים לציבור שעדיין לא התחסן להתעדכן במרפאות השונות ובמוקדי המידע היכן ניתן להתחסן.

השפעת התפרצה מוקדם מהרגיל בחורף הנוכחי, וכבר בתחילת דצמבר עלה שיעור הפניות למרפאות קופות החולים עקב  תחלואה דמוית-שפעת ודלקת ריאות. מנתוני משרד הבריאות מסתמן כי הזן האלים 'שפעת החזירים' (H1N1) הוא הדומיננטי בישראל השנה. נגיף זה נכלל בהרכב החיסון שאושר על ידי ארגון הבריאות העולמי וניתן בישראל. התחסנות כנגד שפעת מומלצת לכל האוכלוסייה מגיל 6 חודשים ומעלה בהעדר התוויות נגד.