יחסי ישראל טורקיה נמצאים בהידרדרות כבר מספר שנים. שיאה של ההידרדרות הוא משט אוניית 'המרמרה' בשנת 2010. המרמרה היתה ספינה שיצאה מטורקיה לצד חמש אוניות נוספות עליהן כ-700 פעילים פוליטים שרצו, על פי טענתם, להעביר ציוד הומניטרי לעזה. בקרב הפעילים היו גם חברי הארגון האיסלמי IHH, פוליטיקאים ועיתונאים. המשט היווה שיא של פעולה בינלאומית כנגד הסגר הימי על עזה שהוטל ב-2007, כאשר חמאס השתלט על רצועת עזה – לאחר תוכנית ההתנתקות הישראלית.

"מאווי מרמרה" - בדרכה לעזה מאי 2010 צילום: מתוך פליקר Adambro

"מאווי מרמרה" – בדרכה לעזה מאי 2010 צילום: מתוך פליקר Adambro

לוחמי שייטת 13 הצליחו לעצור ללא התנגדות את חמשת הספינות, אך על ספינת המרמרה חיכתה ללוחמים התנגדות של פעילי טרור. ההשתלטות על הספינה בוצעה ממסוק – ולאחר האלימות שהופעלה כלפיהם, השתמשו חיילי צה"ל בנשק ותשעה מנוסעי האונייה, רובם חברים בתנועות איסלאם קיצוניות בטורקיה נהרגו. מספר חיילים ועשרות נוסעים נפצעו בהיתקלות, כולם טופלו בבתי החולים בישראל.

אירועי המרמרה הביאו להידרדרות משמעותית ביחסי המדינות על רקע דרישת טורקיה להתנצלות ישראלית, פיצויים למשפחות ההרוגים והסרת הסגר מעל עזה – דרישות אותן דחתה ישראל מספר פעמים.

בשנת 2013 בסיום ביקורו בישראל של נשיא ארצות הברית ברק אובמה, ראש הממשלה בנימין נתניהו התקשר בתיווכו של אובמה לנשיא טורקיה רג'פ טאיפ ארדואן והתנצל על תקרית המרמרה. בשיחה זו החליטו השניים להתחיל תהליך של נרמול יחסים. בדצמבר 2015 פורסם כי ישראל תקים קרן לפיצוי נפגעי תקרית המרמרה, השגרירים יוחזרו ותביעות טורקיה לישראל בעקבות התקרית יבוטלו.