הם מנהלים את המשרדים בפועל, ומוציאים את מדיניות השר לפעולה. חלקם מינויים פוליטים, וחלקם הגיעו בירושה עם המשרד. אלו המנכ"לים שמנהלים את ממשלת ישראל ה-34.

בממשלת ישראל משרתות 8 שרות, אבל רק 4 מנכ"ליות: קרן טרנר (אוצר), לירן אבישר בן חורין (תקשורת), שי לי שפיגלמן (מדע וטכנולוגיה) וסיגל יעקבי (מ"מ מנכ"ל משרד המשפטים). יש לציין שאף אחת מהשרות לא בחרה למנות מנכ"לית אישה. שלוש מנכ"ליות נבחרו לתפקידן על ידי השר הנכנס. הרביעית, יעקבי, היא רק ממלאת מקום, אבל גם כשתוחלף תהיה זו ככל הנראה מנכלי״ת, עינב קבלה.

המנכ"ל המבוגר ביותר הוא אביגדור קפלן (רווחה). לקפלן מלאו 80 ביולי האחרון. מלבד קפלן שמחזיק בתואר ד"ר בניהול מערכות בריאות, גם ליוסף דרזנין (שיתוף פעולה איזורי) תואר שלישי מאוניברסיטת מרילנד, ולחזי לוי (בריאות) תואר ד"ר, מומחה בכירורגיה.

למרות שלפעמים נראה שכל המנכ"לים של משרדי הממשלה מגיעים ממשרד האוצר, רק ארבעה מהמנכ"לים הנוכחיים עבדו בעבר באוצר. קרן טרנר (אוצר) אודי אדירי (אנרגיה) ויאיר פינס (שיכון) הם בוגרי אגף התקציבים. בנוסף אליהם, חזי ליפשיץ (משאבי מים) היה רכז ברשות החברות.

למעשה החממה בה צומחים מנכ"לים היא המגזר הציבורי. רוב המנכ"לים כיהנו בעבר כמנכ"לים של חברות ציבוריות או עמותות. עולם ההי-טק הצמיח גם הוא כמה מנכ"לים, ביניהם שי לי שפיגלמן (מדע וטכנולוגיה) שעבדה במיקרוסופט, ורז פרויליך (תרבות וספורט) שעבד באמדוקס.

חממה נוספת לגידול מנכ"לים של משרדי ממשלה נמצאת בכוחות הביטחון. בין המנכ"לים יש אלוף אחד, אמיר אשל (ביטחון), שני תתי אלופים: רונן מנליס (נושאים אסטרטגיים) וחזי לוי (בריאות), וניצב אחד, משה (צ'יקו) אדרי (ביטחון פנים). אגב, עופר מלכה (תחבורה) שירת 19 שנים במוסד וחגי צוריאל (מודיעין) שירת 27 שנים במוסד. ששש…

חלק מהמנכ"לים הספיקו כבר לנדוד בין משרדי ממשלה: קרן טרנר לדוגמא שימשה מנכ"לית משרד התחבורה לפני שהגיעה למשרד האוצר. שמואל אבואב עבר מהשיכון לחינוך. חגי רזניק שימש כמנכ"ל משרד השיכון לפני שהגיע למשרד לקידום קהילות. ומרדכי איצקוביץ הספיק להיות מנכ"ל משרד התיירות ומשרד הרווחה, לפני שהגיע למשרד החקלאות.

מרדכי איצקוביץ (חקלאות) ושמואל אבואב (חינוך) כיהנו כראשי המועצות עמק חפר וקרית טבעון בטרם התמנו למנכ"לים של משרדי ממשלה. חגי רזניק היה מזכיר קיבוץ רביבים.

שני מנכ"לים שימשו בצעירותם כעוזרים פרלמנטרים, בתחילת שנות השמונים: דוד לפלר (כלכלה), שהיה עוזרו הפרלמנטרי של יצחק רבין; ויובל רותם (חוץ). אבל רותם עשה זאת באנגלית, אצל חבר הקונגרס מטעם המפלגה הדמוקרטית, דיק גפהארדט.