אגף הכלכלנית הראשית במשרד האוצר מעריך כי עלות הסגר למשק במתווה הנוכחי נאמדת בכ-3 מיליארד שקל לשבוע. יש לציין כי מדובר בשווי המוערך של הפגיעה בתוצר, ולא בעלות לתקציב המדינה.

בסגר הקודם שהיה בחגים וארך כשלוש שבועות העריכו במשרד האוצר כי העלות תעמוד על 10-11 מיליארד שקלים סה"כ. בשני הסגרים היום מגבלות דומות, והפער מההערכות נובע אולי מהחגים שאמורים היו להשבית חלק מפעילות המשק בכל מקרה.

במשרד האוצר מציינים כי המתווה הנוכחי כולל מגבלות משמעותיות על פעילות המסחר והשירותים לצד מקומות עבודה אחרים (כולל ללא מקבלי קהל), ומערכת החינוך. כל שינוי במתווה או הארכה של משך זמן הסגר, יעדכן את העלות הנאמדת.​