דו"ח מבקר המדינה שפורסם ב-2008 בעניין קבר הרשב"י בהר מירון הזהיר ממצב התשתיות הירוד במקום ומכך שאין כתובת ברורה לאחריות על הילולת ל"ג בעומר.
בדו"ח נכתב כי מתחם הקבר אינו ערוך כנדרש לקליטת עשרות ומאות אלפי האנשים הפוקדים אותו באירועים המוניים וכי "אין מקום לאפשר את המשך המצב הקיים". הדו"ח כלל חוות דעת שהעלו בעיות בנושאי הרישוי, תשתיות דרכים שאינן מספיקות, בינוי לא חוקי, בטיחות, מסחר, ניהול רישומים של תרומות ומעל הכל חוסר פיקוח ואכיפה מצד הרשויות בנושאים השונים.
בעקבות הדו"ח קיבלה הממשלה החלטה על תיקון הליקויים. בין היתר הוקמה 'ועדת החמישה' – גוף המשותף לממשלה ולנציגי ההקדשים שמחזיקים בשטחי מתחם קבר הרשב"י, שאחראית על ניהול המתחם.
במרץ 2009 קבע המבקר כי "החלטת הממשלה לא יושמה". בדיקה שנעשתה בחודשים אוקטובר 2010 עד פברואר 2011 העלתה כי נעשו מעט מאוד שיפורים, בעיקר בהערכות לל"ג בעומר: הוקם מעבר תת קרקעי להולכי רגל המקל על מעבר מכוניות אך לא שופרו דרכי הגישה וההגעה על מנת לאפשר תנועה חופשית של כלי רכב לרבות רכבי הצלה לאירועים רבי משתתפים.
בנושא ניהול האירוע, בדו"ח משנת 2011 הזהיר מבקר המדינה כי לא הוטלה על גורם כלשהו האחריות לארגון אירועי ל"ג בעומר במירון, וכי לא יוחדה תשומת לב מספקת לאירועים רבים אחרים המתקיימים במקום במשך השנה. במשרד מבקר המדינה הכירו באירוע כארוע דתי, המתקיים מעצמו מידי שנה "ללא קשר עם מפיק זה או אחר", ומוסיפים, "אולם מאחר שהוא מתקיים מדי שנה בשנה ומתוכנן על ידי הגורמים האחראיים לפרטי פרטים, אין לראות בו אירוע ספונטני ויש להיערך אליו. על כן הגוף האחראי לאירוע זה, כמו לכלל העניינים הנוגעים לקבר רשב"י, הוא ועדת החמישה או גוף שהוסמך לכך".
בחודש אוקטובר 2011 החליטה הממשלה בנושא הסדרת תשתיות קבועות והקמת חברה ייעודית מנהלת לאתר. ההחלטה מפרטת את אחריות משרדי הממשלה השונים לשיפור תשתיות מתחם הקבר והפקעת השטח לבעלות המדינה. באחריות מנהלת אתר הקבר ניהול, שימור, הפעלה, תחזוקה ואבטחה של מתחם קבר הרשב"י במירון באופן שוטף, תוך הבטחת גישה חופשית, רציפה ומלאה למבקרים במתחם קבר הרשב"י, בין השאר לשם קיום מוסדר של אירועים ציבוריים במתחם קבר הרשב"י בכלל ואירועי ל"ג בעומר, אך ללא הגדרה של אחריות על האירוע.
החלטת ממשלה נוספת בנושא האחריות הניהולית למתחם התקבלה בשנת 2016 לפירוק "קרן הרשב"י ומורשתו" והעברת הניהול לעמותה הממשלתית "המרכז הארצי לפיתוח המקומות הקדושים". בנוגע להילולת הרשב"י הוחלט להעמיד תקציב של 2.6 מיליון שקלים מתוך המשרד לשירותי דת וכי יוקם צוות לבחינת "הצרכים הנדרשים להוצאות ההילולה בראשות מנכ"ל המשרד לשירותי דת ובהשתתפות נציג אגף התקציבים, רב הכותל והמקומות הקדושים, מנכ"ל המרכז, מ"מ מנכ"ל רשות מקרקעי ישראל, מנכ"לית המשרד לפיתוח הפריפריה, הנגב והגליל, שני נציגי המשרד לביטחון הפנים ונציג משרד התחבורה והבטיחות בדרכים. גם בהחלטת הממשלה הזו אין הגדרה של אחריות לאירוע.
ללא קשר לאירוע הנוכחי, משרד מבקר המדינה עוסק בשנה האחרונה בכתיבת דו"ח נוסף העוסק במקומות הקדושים בישראל בו נבחנים היבטי הניהול, הנגישות, הביטחון והבטיחות.
