שבעת בתי החולים הציבוריים מזהירים ממשבר כלכלי חריף, ודורשים ממשרד הבריאות להעביר תקציבים שיכסו על הוצאות הקורונה ותקצוב גרעוני של שירותי הבריאות. בנוסף דורשים מנהלי בתי החולים לחתום על תקנות שיאפשרו העברת כספים קבועה לכלל בתי החולים, במקום תשלום שנתי בדיעבד, במטרה לאפשר להם לאזן את תקציביהם. תקנות אלו נמצאות במחלוקת בין משרדי הבריאות והאוצר במשך חצי שנה.

בתי החולים הציבוריים כוללים את הדסה ושערי צדק בירושלים, מעייני הישועה בבני ברק, לניאדו בנתניה ושלושת בתי החולים בנצרת. אלו בתי החולים היחידים שאינם ממשלתיים או בבעלות קופת חולים, ובמשך שנים הם מוחים על אפליה באופן התקצוב שלהם. הבעייה המרכזית היא תקצוב בחסר של כלל בתי החולים, מאחר שמשרד האוצר מתיר להם לגבות רק חלק (כ-80%) מהמחיר המלא של שירותי הבריאות שהם מעניקים למבוטחי קופות החולים. כתוצאה מכך נוצר גרעון מובנה, אך בתי החולים הממשלתיים מקבלים סובסידיות להשלמת גרעון זה, ובתי החולים האחרים 'זוכים' להשלמות בעקבות תקנות תמיכה באופן שאינו מאפשר ודאות כלכלית.

הבעייה העצימה בתקופת הקורונה, אז בתי החולים התגייסו לבקשת המדינה והקדישו משאבים רבים לטיפול במגפה, אך לטענתם לא קיבלו תוספות תקציביות נדרשות. בעקבות זאת ניהלו בתי החולים מאבק גם בעיצומם של גלי קורונה ואף הפסיקו קליטת חולים עקב קושי לשלם לספקים.

בינואר 2021 סוכם על העברת סכומים משלימים לבתי החולים, ובקיץ הם יצאו למאבק נוסף על העברת הסכומים. עוד סוכם על הקמת ועדה שתבחן את אופן התקצוב של בתי החולים.

בחוק ההסדרים האחרון שונה הסדר ההתחשבנות בין בתי החולים לקופות החולים והכיל לראשונה אפשרות של תקצוב חודשי קבוע לכלל בתי החולים בהתאם לקריטריונים שוויוניים. בחוק נקבע ששר האוצר יפרסם תקנות בעניין באישור שר הבריאות. המשרדים נמצאים במחלוקת ביניהם על המנגנון ולכן עד היום, מעל שלושה חודשים מכניסת התקציב לתוקף, התקנות לא פורסמו וההסדר לא יצא לפועל.

עם זאת, הוועדה שהובטח שתוקם לבחינת אופן התקצוב ויחסי הגומלין הוקמה. שר הבריאות מינה את מנכ"ל המשרד, נחמן אש, לעמוד ברשה, והיא תכונס לראשונה היום (שלישי) אחר הצהריים.