לאחר למעלה מ-10 שנים של חקירה והליך משפטי, בית משפט השלום בבאר שבע גזר על חברת קצא"א (קו צינור אילת-אשקלון) וחלק מעובדיה, קנסות בסך כולל של כ-2 מיליון שקלים.

בית המשפט קבע כי חברת קצא"א ומנהליה נושאים כל אחד לפי חלקו באחריות למחדלים ולכשלים שהובילו לזיהום שטח נרחב בנחל ובסביבותיו, והשית על קצא"א קנס בגובה 1.6 מיליון ש"ח, על מנכ"ל החברה דאז, יאיר וידה, קנס בסך 75 אלף שקל; על סמנכ"ל ההנדסה בקצא"א ואחראי על עבודות השיפוץ בעת האירועים, שלומי לוי, נגזר קנס כספי בסך 150 אלף שקל; ועל מנהל הפרויקט מטעמה של קצא"א, ניר סביון, נגזר קנס בסך 100 אלף שקל.

לאחר תקופת חקירה ארוכה של המשטרה הירוקה, הוגשו נגד קצא"א, החברות שהעסיקה בפרויקט ועובדיהן כתבי אישום, בהם כלל החברות ועובדיהן הרלוונטיים בפרויקט הואשמו בשורת עבירות סביבתיות חמורות, בהן שתי פגיעות בצינור של קצא"א בערבה, במהלך עבודות לשיפוצו.

כתוצאה מהפגיעות, שאירעו בשנת 2011, נגרם זיהום כבד של נחל צין וסביבותיו לאחר שנשפכו מהצינור הפגום מאות אלפי ליטרים של דלק בשמורת הטבע ובסביבותיה, והובילו לזיהום של כ-60 דונם קרקע. במהלך עבודות השיקום, פונו כ-26,500 טון קרקע מזוהמת מהאזור.

כתב האישום שהוגש ייחס לנאשמים, כל אחד לפי חלקו, ביצוע עבירות סביבתיות ובהן בין היתר עבירות של זיהום מים בנסיבות מחמירות, השלכת פסולת חומר מסוכן ולכלוך רשות הרבים וגרימת מפגע ריח, וכן אי מניעת עבירות אלה על ידי נושאי המשרה.

חלקו של הצינור שבאחזקת קצא"א, כ-153 ק"מ המשתרעים בין אשל הנשיא ובין שיזפון, משמש לצורך הובלת דלק סילוני. בבדיקה שנערכה לצינור מטעם קצא"א בסוף 2007, נמצא כי בעטיפת הצינור קיימים מספר רב של ליקויים שמשמעותם היא כי לאורך חלקים נרחבים של הצינור חסרה הגנה מפני דליפות, ובחלקים מסוימים הצינור חשוף ואינו טמון באדמה.

ב-2008 הפסיקה קצא"א את הזרמת הדלק הסילוני בצינור בעקבות הליקויים, ובהמשך הוחלט על שיפוץ הצינור באמצעות קבלני משנה, אך פגיעה של כלי הנדסי באחת מנקודות הצינור, הוביל לפיצוץ בו וזרימה של הדלק המזהם לנחל ולסביבותיו.

"הכרעת הדין בתיק שמקורו בחקירה שביצעה המשטרה הירוקה של המשרד להגנת הסביבה וכתב האישום שהגיש המשרד, הובילה לענישה לפי עקרון 'המזהם משלם'" אמרה השרה להגנת הסביבה, תמר זנדברג, "האירוע החמור, שאינו הראשון שבו קצא"א מעורבת, מדגיש את הסכנה בתשתיות דלקים מזהמים הפרוסות בכל רחבי המדינה, ואת החשיבות בגמילת ישראל מדלקים פוסיליים במהירות האפשרית, והתקדמות לאנרגיות מתחדשות ונקיות"

"חברות שמייצרות סיכון לסביבה מבלי לנקוט אמצעי זהירות למניעת אירועים סביבתיים במהלך פעילותן – יישאו בדין על הזיהום שנגרם ועל הנזק הסביבתי שנוצר", נמסר מפרקליטות מחוז דרום, ששימשה התובעת בתיק, "כמו כן על המנהלים של החברות מוטלת החובה לוודא, לפקח ולהשקיע פעולות יזומות ומאומצות על מנת למנוע נזק סביבתי".