פעילות המוזיאונים בבתי הספר נמצאת בסכנה בשל האופן בה תכנית גפ"ן פועלת כיום, כך לפי איגוד המוזיאונים. הסיבה לכך היא שהפעילות במוזיאונים אינה נכללת כיום בסך הפעילויות העומדות לבחירה במערכת גפ"ן.
עד שנת הלימודים הנוכחית מנהלי בתי הספר היו מחויבים בביקור במוזיאון וקיבלו תקציב לביקור זה, ולדברי יו"ר האיגוד, רז סמירה, הסכנה היא עמוקה יותר. "גפ"ן הופכת את כל פעילויות ההעשרה לשוק. אין סיבה שמנהל בית הספר לא ייקח ארבע הרצאות במחיר של ביקור במוזיאון אחד הכולל עלות של יום מחוץ לבית ספר".
מעבר לפגיעה החינוכית תיתכן פגיעה כלכלית. תקציבם של המוזיאונים בישראל אינו רב, ולמוזיאונים מקורות הכנסה מועטים. ביקורים של בתי הספר מהווים עוגן בתקציב של המוזיאונים ופגיעה במקור זה מקשה על המוזיאונים לתמחר מחיר כניסה הוגן. בנוסף לפי חוק המוזיאונים, מוזיאונים מחויבים לבנות תוכנית חינוכית למוזיאון. "כלומר עוד השקעה משאבית שתרד לטמיון" אומרת סמירה.
תוכנית גפ"ן היא תוכנית לניהול תקציב של מנהלי בתי הספר שהחלה לפעול בשנת הלימודים הנוכחית. כל בית ספר מתוקצב לפי גודלו ומעמדו הסוציו אקונומי בסכומים הנעים בין 300,000 ש"ח למיליון שקלים, המנוהלים ע" מנהל בית הספר. תקציב זה מיועד לצרכים רבים של בית הספר, מהכשרת צוות המורים ועד פעילויות העשרה. חלק מצרכים אלו נענו בעבר על ידי מערכת החינוך ללא תשלום של בתי הספר ואילו בגפ"ן מנהלי בתי הספר נדרשים לשלם על מענים אלו ולכן התקציב לצרכים אחרים כמו פעילויות העשרה מצטמצם.
איגוד המוזיאונים הוא עמותה שמטרותיה הן העלאת החשיבות של מוזיאונים בקרב הציבור הרחב, שיתוף פעולה עם מוסדות תרבותיים וחינוכיים אחרים, קידום מקצועי של הסגל במוזיאונים וייצוג האינטרס של המוזיאונים מול המוסדות הציבוריים.
"המציאות היא שהביקור הראשון של ילדים ונוער במוזיאון הוא דרך בתי ספר", אומרת סמירה, "פגיעה בפעילות החינכית של מוזיאונים עלולה להרחיק אותם מעולמות התרבות, האמנות, המדע וההיסטוריה, ולהנחית מכה קשה על פעילותם החינוכית השוטפת ובכך לפגוע בתרבות בישראל בסופו של דבר".
ממשרד החינוך נמסר בתגובה: הטענה שהמוזיאונים אינם במערכת היא שגויה. המוזיאונים כלולים בשני סלים. האתגר העומד בפני המוזיאונים הוא לשווק את הפעילות שלהם בבתי הספר- כמו כלל פעילויות ההעשרה.