ההסכם עם מפגלת הציונות הדתית העניק ליו"ר המפלגה בצלאל סמוטריץ' סמכויות נרחבות במינוי חברי מועצת החינוך הממלכתי-דתי. המועצה היא גוף ציבורי שמעצב את המדיניות הפדגוגית של החינוך הממלכתי-דתי. מנהל החינוך הדתי, שאחראי על בתי הספר הממלכתיים דתיים, כפוף להחלטות המועצה.

המועצה מורכבת מ-14 חברים אותם ממנה שר החינוך אחת לארבע שנים. לפי חוק החינוך הממלכתי, שני נציגים במועצה יתמנו על ידי שר החינוך, שישה ימונו על ידי שר הדתות מתוך רשימה של 12 מועמדים שיבחר שר החינוך, שלושה נציגים ימונו על ידי ארגוני המורים הדתיים, ושלושה נציגים ימונו מטעם 'ועד החינוך', גוף שאמור לייעץ למשרד החינוך אך אינו פעיל בפועל.

לפי נתוני משרד החינוך, בשנת הלימודים תשפ"א (2020-2021) למדו בבתי הספר של הזרם הממלכתי-דתי 264,115 תלמידים, שהם 14% מכלל התלמידים, ובגני הזרם למדו ממלכתי דתי למדו 91,418 תלמידים, שהם 17% מכלל תלמידי הגנים.

ההסכם הקואליציוני בין הליכוד לציונות הדתית כמעט מרוקן מתוכן את סמכויות שר החינוך והדתות, ומעביר אותן ליו"ר מפלגת הציונות הדתית בצלאל סמוטריץ'. בהסכם נקבע שחוק החינוך הממלכתי יתוקן בהוראת שעה כך ששני מועמדים יתמנו ישירות על ידי שר החינוך (בדומה למצב כיום); שישה מועמדים ייבחרו על ידי שר החינוך מתוך רשימה של 12 מועמדים שירכיבו סמוטריץ' וראש הממשלה נתניהו (במקום ששר החינוך ירכיב רשימת מועמדים ושר הדתות יבחר מתוכה), וכן שמינוי 3 נציגי ארגוני המורים ו-3 נציגי ועד החינוך ייעשה בהסכמה בין סמוטריץ' לשר החינוך.

כיום חברי המועצה הם יו"ר המועצה הרב פרופ' יהודה ברנדס, גב' רחלי פרנקל, הרב עמיחי גורדין, הרבנית אסתר רוזנברג, הרב אורי שרקי, הגב' שרה אליאש, הרבנית ד"ר לאה ויזל, הרב ניסים מלכה, הגב' אורלי לרר, גבריאל שמעון, ברכה דאום רייטר, הרב גלעד מסינג, ד"ר מירי שליס וגב' שושנה שפיגל.

שהמועצה הנוכחית מונתה לפני כשנה, ולפי החוק לא ניתן לפזר אותה. כלומר, ההחלטה תשפיע על הקמת המועצה הבאה בעוד שלוש שנים.

השליטה הנרחבת של סמוטריץ' במינוי חברי המועצה מעלה חששות לפגיעה בייצוג של מגוון הזרמים בציונות הדתית, וייצוג יתר למועמדים שמזוהים עם הזרם החרד"לי (חרדי לאומי) שאליו משתייך סמוטריץ' וזרמים שמרניים יותר בתוכה. בכל מקרה, המהלך הוא פגיעה בסמכותו של שר החינוך על גוף משמעותי שאחראי על חלק ליבתי במשרד.

שמואל שטח, מנכ"ל תנועת נאמני תורה ועבודה, אומר ל'דבר' שההחלטה מגבירה את הפוליטיזציה של מערכת החינוך הדתית. "מועצת החמ"ד הוקמה בימי קום המדינה על מנת לשמור על עצמאות פדגוגית ומקצועית כנגד השפעות פוליטיות. בהתאם, היא מתמנה לארבע שנים ולא ניתן לפזרה לפני כן. העיסוק הפוליטי המנכס את החינוך הדתי למפלגה מסוימת חוטא למטרות המועצה ומפר איזונים שאינם בריאים למערכת מקצועית שאמורה לשרת את כלל התלמידים הדתיים בישראל".