זמן קצר לאחר הפיגוע שאירע אתמול (שלישי) ביישוב עלי, בו נרצחו 4 ישראלים ונפצעו 4 נוספים, פרצו מהומות והפרות סדר בין יהודים לערבים באזור שער שכם בירושלים, שהתפשטו בתחילה לכפר חווארה ובהמשך למקומות נוספים בשומרון.
בהמשך הערב נכנסו ישראלים לכפר חווארה, ממנו יצא אחד המחבלים שביצעו את הפיגוע, והציתו לפחות שני רכבים. בתגובה, פלסטינים יידו אבנים לעבר רכבים ישראלים באזור חווארה, עלי וגבעת אסף. לאחר שהורחקו מחווארה, עשרות צעירים ישראלים הציתו בית ספר, חנויות, מגרש גרוטאות, שדות ומטעי זיתים באזור הכפר לובן א-שרקייה.
המהומות בשער שכם נמשכו לתוך הלילה. שוטרי מג"ב ומשטרת מחוז ירושלים פעלו לעצירת ההתפרעויות, ועיכבו מספר צעירים ערבים בחשד שניסו לתקוף שוטרי מג"ב ויהודים במקום.
מיד לאחר הפיגוע, דובר צה"ל הוציא הודעה בה קרא לצעירים ישראלים "לא לקחת את החוק לידיים". בתום הערכת מצב הוחלט לעבות את מערך הכוחות בכבישי יהודה ושומרון, בדגש על אזורים רגישים, צמתים ונקודות ריכוז קהל, וכן לגייס 6 פלוגות מילואים של מג"ב.
