הלילה (בין שלישי לרביעי) השלימו כוחות צה"ל יציאה מלאה מג'נין, ובכך תם מבצע "בית וגן", שארך יומיים. בזמן יציאת הכוחות התפתחו חילופי אש קשים בין חמושים לכוחות הביטחון, בהם נהרג לוחם אגוז, רב סמל דוד יהודה יצחק. הכוח הופתע מהירי, שהגיע מתוך מבנה בעיר, והשיב באש לעבר היורים. לאחר מכן, החמושים עברו לבניין בית החולים הסמוך – וירו גם מתוכו.
לאחר שאיתרו את מקור הירי, הכוחות, בהם לוחמי יחידת אגוז, דובדבן ומגלן, כיתרו את המבנה, וחילופי האש המשיכו מטווח קצר. במקביל, כלים אוויריים חגו מעל המבנה וצה"ל הזעיק סיוע של כלי טיס חמושים. לבסוף, צלף של יחידת אגוז הצליח לפגוע בשניים מהמחבלים. בתום ההיתקלות, צה"ל החל להסיג את הכוחות מג'נין. בזמן יציאת הכוחות, כלי טיס של צה"ל תקף חוליית מחבלים שהייתה ממוקמת בבית קברות בפאתי ג'נין, שסיכנה את הכוחות.
מבצע "בית וגן" להשמדת תשתית הטרור בג'נין נמשך כ-48 שעות והשתתפו בו כלל הגדודים של חטיבת הקומנדו, כל פלגות יחידת יהל"ם ויחידות הנדסה להפעלת כלי צמ"ה, סיירות צנחנים, נח"ל, גולני ויחידות נוספות.
18 פלסטינים נהרגו במהלך המבצע, בצבא מציינים שכולם מחבלים מהחמ"ל המאוחד שהותקף במהלך הפתיחה של המבצע, מהחולייה שהותקפה במהלך היציאה ומחבלים שירו לעבר הכוחות וסיכנו אותם.
בסך הכל, הוחרמו ונוטרלו 10 מטעני גחון, 24 רובים מסוג M-16, שמונה אקדחים, מאות כדורים למגוון סוגי נשקים. הוחרמו כספי טרור בסכום של מאות אלפי שקלים. בנוסף, הכוחות תפסו עשרות ק"ג של חומרים כימיים להכנת מטענים.
במהלך המבצע אותרו שישה פירים תת קרקעיים ושני סליקי אמל"ח, המזוהים עם ארגון טרור ובהם אמצעי לחימה רבים. אמצעי הלחימה נמצאו בדירות מסתור, במסגד, בבורות מסתור במרחב האזרחי, בחדרי ניהול לחימה וברכבים.
צה״ל עיכב ותחקר כ-300 פלסטינים, מהם 30 יעדי טרור שנעצרו. שב"כ דיווח על כ-300 פעילי טרור חמושים במחנה, רובם מוכרים בשם, מאלה לא נעצר איש, והיו עוד מספר חמושים שהצליחו להתחמק מקומות בהם צה"ל פעל.
