מדיניות לא אחידה בין הרשויות, ביטול הסעות למוסדות החינוך ובעיות בקליטת משפחות שהתפנו באופן עצמאי ברשויות הקולטות, אלה הן חלק מהבעיות בהם נתקלים כעת תלמידים במערכת החינוך המיוחד מתחילת הלחימה, כך לפי נייר עמדה של אלו"ט עמותה שעוסקת בין היתר בזכויותיהם של תלמידים על הרצף האוטיסטי, שהתפרסם לקראת דיון שהתקיים היום (שני) בנושא בוועדת החינוך בכנסת, ובשיתוף ועדת הבריאות.
על פי נייר העמדה של אלו"ט, חוסר הרישום והמיפוי גורם למחסור במענים מדויקים או לחילופין מענים חלקיים ולא מספקים. לפי אלו"ט משפחות שהתפנו מרצונן ללא הוראת פיקוד העורף. לפי נייר העמדה משפחות אלו איננן משובצות ברשויות הקולטות בגלל מעמדן. זאת למרות שהנחיית משרד החינוך היא לקלוט את כלל המשפחות בין אם הן מפונות עצמאית ובין אם הן מפונות על יד פיקוד העורף.
חלק מהמשפחות חוזרות ליישובים על קו העימות מתוך הקושי בחיים במלונות. הצורך העולה מכך הוא לספק מענה חינוכי לילדיהם על מנת למנוע רגרסיה.
אתגר נוסף העולה מנייר העמדה הוא הקשיים הנובעים מחוסר מדיניות אחידה בין הרשויות המקומיות. לפי נייר העמדה ישנן רשויות 'ירוקות' שלא מפעילות את מערכת החינוך או מפעילות אותה באופן חלקי, ובכך פוגעות בתלמידי החינוך המיוחד הזקוקים למסגרת. בהקשר הזה דורשים באלו"ט כי משרד החינוך יחייב רשויות 'ירוקות' להחזיר את מערכת החינוך לתפעול מלא. כיום ההנחיה היא שההחלטה על תפעול מערכת החינוך היא בידי הרשות המקומית, גם אם סיווגה לפי פיקוד העורף הוא 'ירוק' כלומר יכולה לתפעל את מערכת החינוך במלואה.
קושי נוסף הקשור לחוסר מדיניות אחידה של משרד החינוך הוא החלטת הרשויות המקומיות לגבי ההסעות למוסדות החינוך. רבים מהתלמידים הזכאים לשירותי חינוך מיוחד משתמשים בהסעות כדי להגיע למסגרות החינוך השונות. רשויות מקומיות רבות טרם החזירו את מערך ההסעות למרות סיווגן כ'ירוקות' וההורים מסיעים את ילדיהם למסגרות החינוך. לצד הדרישה לחייב את הרשויות המקומיות להחזרת מערך ההסעות אלו"ט דורשת כי יופעל מנגנון החזר כספי להורים כיוון שהסעת ילדיהם היא על חשבון שעות עבודתם. לטענת משרד החינוך הרשויות ישופו ב-100% על הסעות תלמידים מפונים הזכאים לשירותי החינוך המיוחד.
בעיה נוספת שהועלתה בעבר על יד מנהלי בתי הספר היא הקושי בפינוי חלק מהתלמידים הזכאים לשירותי חינוך מיוחד למרחבים המוגנים, וכך מסגרות חינוך אוסרות על תלמידים אלו להגיע למסגרת. כאשר בנייר העמדה מוצע כי "יש לקבוע קריטריונים ברורים במצבים אלה, וכן לייצר חלופות הולמות עבור אותם תלמידים, ובכלל זאת מתן מענים בבית התלמיד".
לפי דו"ח של מרכז המחקר והמידע של הכנסת משרד החינוך לא מסר נתונים על יישום המודלים שהוא פרסם בחודש שעבר של למידה בחינוך המיוחד. "יודגש כי תלמידים רבים עם מוגבלות זקוקים למענים מותאמים ומונגשים, ואינם יכולים להשתלב בכל פעילות כילדים אחרים בני גילם".
"אנחנו במציאות של חוסר כוח אדם. גם לפני המלחמה וגם עכשיו". אמרה תמי אומנסקי מנהלת האגף לחינוך מיוחד במשרד החינוך בדיון בוועדת החינוך יחד עם ועדת הבריאות בנושא שירותי החינוך המיוחדים בעת הנוכחית. "אחת הדרכים שאנחנו מנסים להתמודד עם המחסור היא מתן שעות למחוזות בשביל תפקידים פרא-רפואיים ותומכות חינוך".
עוד אמרה אומנסקי כי למשרד החינוך יש רישום של 75% מתלמידים המפונים הזכאים לשירותי החינוך המיוחד. הסיבה לכך היא משום ש"חלק מהתלמידים המפונים לא נמצאים במוקדי הפינוי".
