צה"ל הודיע שמנהל בית החולים 'שיפאא' בעזה, ד"ר מוחמד אבו סלמיה, נעצר והועבר לתחקור בשב״כ לאחר שנחשפו עדויות רבות לכך שבית החולים תחת ניהלו הישיר, שימש כמפקדה של חמאס.
לפי הודעת צה"ל, "ארגון הטרור חמאס ניצל משאבים רבים, ביניהם חשמל על מנת לתחזק את מערכת המנהור שבנה תחת בית החולים, בנוסף, החמאס אחסן אמצעי לחימה רבים בבית החולים ובסביבתו. מעבר לכך, לאחר הטבח שביצע ארגון הטרור חמאס ב7.10, הארגון השתמש בבית החולים כמקלט עבור מחבליו ואף לקח לשם חטופים ישראלים שנחטפו ביום הטבח. דו"ח פתולוגי אישר כי רצח רב"ט נועה מרציאנו אירע בשטח בית החולים. בבית החולים תחת ניהולו התקיימה פעילות טרור ענפה של ארגון הטרור חמאס."
בצה"ל הוסיפו שהחלטה בנוגע להמשך החזקתו תתקבל בהתאם לממצאי החקירה ולמעורבות מנהל בית החולים בפעילות טרור.
פעילות צה"ל באזור בית החולים שיפא חשפה מנהרת טרור שבנה חמאס ועוברת ברובה תחת מבני בית החולים. מאחורי דלת ההדף שנפרצה, אותרו במנהרה חדרי מלחמה, חדר שהייה ומסתור ממוזג, וכן שירותים ומטבח לשהייה ממושכת. כמו כן, אותר פיר שיוצא מתוך מוסד חינוכי ופיר נוסף במרחב ליד בית החולים. הכוחות איתרו במרחב בית החולים אמצעי לחימה רבים, וכן ממצאים שיכולים להעיד על שהייה קודמת של חטופים.
ממצאים נוספים שנאספו גילו שחמאס הביא חטופים לשטח בית החולים ב-7 באוקטובר, וכן שהחיילת נועה מרציאנו ז"ל שנחטפה על ידי חמאס נרצחה בשטח בית החולים.