תחקיר צה״ל לאירוע הריגת עובדי הסיוע בעזה מצא כי התקיפה בוצעה ללא הפללה מודיעינית ובניגוד להוראות הפתיחה באש. הרמטכ״ל החליט להדיח מתפקידם את רמ״ט חטיבת הנח"ל, אל"מ (מיל') נוחי מנדל, ומפקד הסיוע החטיבתי, רס"ן בשירות קבע. אלוף הפיקוד, מפקד האוגדה והמח״ט ננזפו. למרות התחקיר, ארגון WCK דורש שיקויים תחקיר עצמאי, וטוען: "צה"ל לא יכול לחקור את עצמו".
פרסום התחקיר מגיע פחות מיממה לאחר שנשיא ארצות הברית ג'ו ביידן וצמרת הממשל האמריקני דרשו מראש הממשלה נתניהו לפרסם תחקיר מקיף בנושא, ולדאוג שהאחראים למחדל יועמדו לדין, לאחר ש-7 עובדי ארגון הסיוע ההומניטרי WCK נהרגו מתקיפת צה"ל ביום שני האחרון.
התחקיר הצה"לי מצא כי חטיבת הנח״ל, שביצעה את התקיפה, ביצעה אותה תוך קבלת החלטות שגויות, בניגוד להוראות הפתיחה באש ומבלי שהייתה ״הפללה״ (מידע מאומת) על כך שמדובר במחבלים.
עיקר התקלות שהתבררו בתחקיר נוגעות לכך שנסיעת עובדי הסיוע בשיירה תואמה עם צה״ל, אך התיאום לא עבר מהדרגים הגבוהים של הפיקוד והאוגדה לדרגי החטיבה שפעלה בשטח. כמו כן הרכבים הותקפו למרות שלא הייתה ודאות שמדובר במחבלים, אלא הערכה בלבד של אנשי מפקדת החטיבה, באחריות אל"מ מנדל.
מהתחקיר עולה כי התקיפה בוצעה לאחר שזוהה חמוש שיורה מאחת המשאיות של השיירה, אך למרות שמפקד האוגדה נתן פקודה שלא לתקוף את השיירה ההומניטרית. החטיבה תקפה את כל 3 הרכבים של השיירה, לאחר שזוהה חמוש שנכנס לרכב הראשון. למרות שלא היה שום מידע על הימצאות חמושים ברכב השני וברכב השלישי – גם הם הותקפו, בהפרש של דקות זה מזה וללא סיבה ממשית.
הרמטכ״ל הרצי הלוי כאמור קבע בסיום התחקיר כי מדובר בטעות חמורה שנעשתה תוך קבלת החלטות שגויה וכי ניתן היה למנוע את האירוע. הלוי החליט על נזיפה פיקודית למפקד פיקוד הדרום, האלוף ירון פינקלמן, למפקד אוגדה 162, תא״ל איציק כהן, ולמפקד חטיבת הנח״ל, אל״מ יאיר צוקרמן.
כמסקנות לעתיד, צה"ל הורה כי יש לסמן במדבקות תרמיות רכבי סיוע של ארגונים בינלאומיים. המדבקה שהייתה על גגות הרכבים עם לוגו WCK לא זוהתה ע״י הכטב״מים התוקפים בשל החושך בשעת הלילה. צה״ל יכנס את הארגונים הבינלאומיים הרלוונטיים שפועלים ברצועה (ללא אונר״א) כדי לדון איתם בדרכים נוספות לשמור על אנשיהם הפועלים ברצועה.
שר האוצר ויו"ר מפלגת 'הציונות הדתית' בצלאל סמוטריץ' תקף את הרמטכ"ל ואת מסקנות התחקיר. "העובדה שמכל מחדלי ה-7 באוקטובר, הקצין הראשון והיחיד שהופך לשעיר לעזאזל ומודח בשיחת טלפון הוא נוחי מנדל רמ"ט חטיבת הנח"ל, היא מקוממת ומעבירה מסר בעייתי למפקדים וללוחמים", כתב סמוטריץ'. "לא מתקבל על הדעת שהרמטכ"ל עורף ראשים של קצינים חדים והתקפיים. אם יש צורך להעניש ולהוקיע מפקדים אלו צריכים להיות קצינים שקפאו על השמרים והובילו אותנו לאסון הנורא. הצבא זקוק למפקדים יוזמים והתקפיים שרוצים בהכרעת האוייב. מפקדים בכירים שלא חתרו להכרעת האוייב בשדה הקרב ועודם מעדיפים טכניקות והכלות שכשלו, יש לנו מספיק. החלטת הרמטכ"ל לא תורמת לאמון הציבור בפיקוד הבכיר."