חוקרי היחידה הארצית לחקירות הונאה (יאח"ה) בלהב 443, הגיעו הבוקר (רביעי) לבניין משרד החוץ בירושלים, ערכו חיפוש במקום והחרימו חומרים, זאת בעקבות חקירה סמויה שניהלה היחידה, בנוגע לחשד להנפקת דרכונים דיפלומטיים למי שלא היו זכאים להם, על פי החשד, היות שלא עמדו בקריטריונים לקבלתם. על פי המשטרה, נבחנות כעת כל הוצאות הדרכונים הדיפלומטיים בימיו של אלי כהן כשר החוץ, ובכלל זה לבנו של ראש הממשלה, יאיר נתניהו.
בינואר אשתקד, בעת כהונתו של אלי כהן, המשמש כעת בתפקיד שר האנרגיה, הזהיר הדרג המקצועי במשרד החוץ מפני הנפקת דרכון דיפלומטי ליאיר נתניהו, אולם כהן, שבאותה עת מונה לתפקיד במשרד החוץ, הורה בכל זאת על הנפקתו.
גורמים בלשכת שר החוץ טענו אז כי מדובר בהארכה של הדרכון ולא בדרכון חדש. הנימוק של הבקשה להנפיק ליאיר נתניהו את הדרכון היה ביטחוני.
בכירים במשרד החוץ הבהירו אז שלפי כל הנהלים יאיר נתניהו אינו זכאי לדרכון דיפלומטי. בלשכת השר כהן דרשו לכנס ועדה מיוחדת שדנה בשגרה במקרים חריגים. בדיון בוועדה הוסכם כי אין להנפיק לו דרכון דיפלומטי.
המחזיק בדרכון דיפלומטי אינו עומדים בתור בביקורת הגבולות בשדות תעופה במדינות רבות בעולם. בחלקן הם גם מקבלים הקלות בבידוק הביטחוני. הוא אינו מעניק הרבה מעבר לזה, ומהווה בעיקר סמל סטטוס. נושאי הדרכון הדיפלומטי אינם נהנים מחסינות דיפלומטית, אך יש מדינות שבהן אנשי ביטחון או שוטרים יקלו עם המחזיק בדרכון כזה.
כיום מחזיקים בדרכון כזה כ-11 אלף ישראלים, בהם שופטים, אנשי דת, אנשי ציבור וגם מי ששימשו בתפקידים כאלה בעברם.
