במשרד החינוך עדכנו את ההנחיות לניכוי שכר לעובדי הוראה שדיווחו על מחלה בין 2 ל-9 במאי, ימים שבהם קבע בית הדין לעבודה כי חלק מעובדי ההוראה נקטו שביתה לא חוקית. על פי ההנחיות החדשות, ניכוי השכר למורים יתבצע רק בשכר יוני ולא בשכר הקרוב. בבתי ספר שנסגרו או שפעלו חלקית, ברירת המחדל על פי משרד החינוך תהיה ניכוי שכר לכלל העובדים, ומנהלי בתי הספר יידרשו להצדיק פרטנית את היעדרויותיהם של המורים.

ההנחיות החדשות קובעות כי היעדרות בימים אלו תיחשב 'מוצדקת' רק במקרים הבאים: עובד שיציק אישור מחלה שהונפק לפני יום העצמאות (עד 30 באפריל) המתייחסת גם לפרק הזמן הכולל את תקופת השביתה; אישורים בגין היעדרות על רקע היריון, שמירת היריון או טיפולי פוריות; אישורי מחלת ילד, בתנאי שהופקו באותו היום שבו נעדר העובד; ואישורי מחלת בן זוג או הורה בתנאי שהונפקו בתקופת השביתה בהתאם לכללים הנהוגים.

נוסף על כך, נקבע כי גם היעדרויות מפאת מחלה בתקופת השביתה יוכרו כמוצדקות, בכפוף לכך שאישור המחלה "ניתן על ידי רופא לאחר ביקור" – זאת, על אף שהחוק כיום מאפשר להוציא אישורי מחלה גם באמצעות אתר האינטרנט של קופות החולים וללא בדיקת רופא. במשרד החינוך הבהירו כי יכובדו גם אישורים מפאת מחלה שניתנו על ידי רופאים על רקע פרוצדורות רפואיות במרפאות, במרפאות חוץ, במחלקות בתי חולים או במתקנים רפואיים אחרים, לרבות אישורי מחלה בגין אשפוז.

בהנחיות ששלחו סמנכ"לית כוח אדם בהוראה סוניה פרץ ומנהלת אגף תיאום משכורות עובדי הוראה תמי כהן למנהלי מוסדות החינוך ולמפקחים, הבהירו כי שכר מאי ישולם במלואו ביחס לימי השביתה כמקדמה, וניכויי השכר 'בגין היעדרות בלתי מוצדקת' ייעשו רק ביוני. הודעה מתאימה תצורף לתלושי השכר. הדחייה בניכוי לדבריהן היא בהתאם להנחיית הממונה על השכר באוצר, בשל ההיעדרויות החריגות במספרן והעובדה שלמרות פעילות מאומצת לא הושלמו עד כה דיווחי ההיעדרות במערכות השכר, וטרם הושלמה עבודת הבדיקה של הדיווחים והאישורים כנדרש עד לסגירת מערכות השכר למאי.

בבתי ספר שהיו סגורים או שפעלו חלקית נכתב כי בשלב ראשון לכלל עובדי ההוראה יופיע במערכות דיווח של 'היעדרות בלתי מוצדקת' ('היעדרות ללא שכר'), למעט עובדי הוראה שחשב השכר כבר אישר לגביהם היעדרות מוצדקת ביחס לתקופת השביתה. המנהלים יידרשו לדווח על היעדרויות מוצדקות בהתאם לכללים שנקבעו עד 6 ביוני, ותיקון הדיווח יתאפשר רק באמצעות פנייה של מנהלי ביתי הספר לחשב השכר במחוז בצירוף האסמכתאות הנדרשות.

בימים שבהם פעל בית הספר חלקית – לרבות קיצור שעות הלימודים באותו היום, שינוי שעות המערכת של בית הספר, או למידה של חלק מכתות הלימוד – יוכלו המנהלים לתקן את הדיווח בעצמם באופן יזום. תיקונים לאחר 6 ביוני לא יוכרו. מנהל בית ספר שהיה סגור באופן מלא או חלקי יהיה רשאי להביא מקרים חריגים לאישור חשב המחוז. בבתי ספר שפעלו כסדרם, דיווחי היעדרות מוצדקת ושאינה מוצדקת יתקיימו כפי שנהוג בשגרה.

גם בגני ילדים שבהם נעדרו גננות בתקופת השביתה, אם גן הילדים היה סגור ואם לא, הובהר במכתב כי בשלב ראשון לכלל הגננות שנעדרו יופיע במערכות הוראת דיווח של 'היעדרות בלתי מוצדקת', עד לתיקון הדיווח באישור מנהל המחוז באופן פרטני. המפקחת על גני הילדים רשאית להביא מקרים חריגים לאישור מנהל המחוז.

עד כה נאספו אצל כמה עורכי דין ייפויי כוח מצד אלפי מורים ומורות, בטענה כי כוונת משרד החינוך לנכות משכרם בגין ימי מחלה אינה חוקית. החוק מאפשר למעסיק לדרוש מעובדו בדיקת רופא אם הוא חושד כי אישור המחלה שלו אינו אותנטי, אולם פסקי הדין עד היום אפשרו למעסיק לדרוש בדיקה כזו אצל רופא מטעמו מעט אחרי המועד שבו נטען כי הוצהרה מחלה לא אותנטית. משרד החינוך לא הבהיר למורים בזמן אמת מה הפרוצדורה שהוא מצפה מהם לנקוט אם הם חשים ברע ונזקקים ליום מחלה.