עיקרי המסקנות שעלו מהתחקיר שפרסם צה"ל הבוקר (שני) מראים כי החלטת מפקד הפלוגה הגזרתית לשלוח טנק למרחב הגדר בתחילת המתקפה הייתה "חשובה ומוערכת", ובכך הפחיתה את עוצמת התקפת המחבלים על הקיבוץ והמרחב. לחימת כוח פלוגת העתודה של סיירת נח"ל מול המחבלים באנדרטת דנגור בלמה ועיכבה את כניסת המחבלים לקיבוץ בגל הראשון, צמצמה את מספרם והשפיעה על תוצאות הקרב.

בהתקפה האכזרית של כ-50 מחבלים על הקיבוץ, נרצח תושב הקיבוץ ונפלו שני חברים בכיתת הכוננות. לבתים בקיבוץ נגרם נזק כבד. מסקנה עיקרית בתחקיר, היא כי צה"ל נכשל במשימתו להגן על קיבוץ סופה, פיקוד ושליטת אוגדת עזה והחטיבה הדרומית הוכרעו למספר שעות ועקב כך הפעולה להגנת הגזרה וקיבוץ סופה שובשה. מתקפת חמאס בוצעה לאורכה של גזרת אוגדת עזה והחטיבה הדרומית, כאשר בגזרת כרם שלום בלבד חדר האויב דרך 11 נקודות. עובדה זו הקשתה על הכוחות להגיע ולהגן על היישובים.

לפי התחקיר שנערך בצה"ל, רבש"ץ הקיבוץ סיכל לבדו את התקפת המחבלים הראשונה בקיבוץ ומנע מהם לממש את מסע ההרג והחטיפה שתכננו. לחימתם העיקשת והחתירה למגע של הרבש"ץ, כיתת הכוננות והאזרחים החמושים, בלמה את מתקפת המחבלים והצילה חיים רבים בקיבוץ למרות תנאי פתיחה מאתגרים ותוך נחיתות מספרית.

כוח התגבור בפיקוד סגן מפקד אוגדה 80 וכוח לוט"ר אילת מנע פגיעה בתושבים בזכות פעילות מהירה, השמיד את המחבלים שחדרו לקיבוץ בהתקפה השנייה עליו והיווה מרכיב מכריע בהצלתו. פעולות חיל האוויר, בדגש על מערך מסוקי הקרב, פגעו בעשרות מחבלים מסביב לקיבוץ ובדרכי הגישה אליו ובכך הפחיתו משמעותית את הפגיעה בקיבוץ.

חדירתם של אלפי מחבלים לעשרות מוקדים במקביל היא הגורם המרכזי שהקשה על כוחות הביטחון להגיע במהירות למוקדי הלחימה, על פי התחקיר. ערב המתקפה, הגדוד האחראי על הגזרה הגדודית (גדוד 'כרם שלום') היה סיירת הנח"ל (גדוד 934). בקרב על קיבוץ סופה והסביבה השתתפו חברי כיתת הכוננות של הקיבוץ, כוחות נח"ל, חיל האוויר, כוחות מאוגדה 80 בהם יחידת לוט"ר אילת, יהל"ם, וכוחות שריון.

תחילת המתקפה על המרחב והקיבוץ

06:29 ארגון הטרור חמאס פתח במכת אש מרצועת עזה לעבר יישובי הנגב המערבי, ובהם גם קיבוץ סופה והמחנות הצבאיים. מעט לאחר תחילת הירי תלול המסלול מרצועת עזה, יצא טנק מצוות הקרב המשוריין של הפלוגה הגזרתית, פלוגת 'סופה', לעבר עמדה שולטת על מרחב הגדר והבחין במחבלים מתקרבים לגדר המערכת.

06:41 הטנק פתח בירי לעבר המחבלים ופגע ברבים מהם, בהם כאלו שהיו על טנדרים ואופנועים. הטנק נלחם שלוש שעות בעמדה.

06:45 רבש"ץ הקיבוץ הנחה את חברי כיתת הכוננות להצטייד ולהיערך ליציאה להגנה על הקיבוץ, אך להישאר בבתים בשלב זה. דקות לאחר מכן החל ירי של כוח מחבלי נוח'בה, שרכב על גבי שני טנדרים וכעשרה אופנועים סמוך לגדר הקיבוץ, תוך כדי נסיעה לעבר הקיבוץ ומחנה סופה הסמוך אליו. המחבלים נעצרו.

בצומת מצפון -מערב לקיבוץ, פרקו מכלי הרכב והחלו להתקדם אל הקיבוץ, אל אנדרטת 'דנגור' ואל מחנה סופה. המחבלים נכנסו לחילופי אש עם כוח עתודה מסיירת נח"ל במרחב האנדרטה. מתוך כוח המחבלים התפצלו ארבעה מחבלים על גבי שני אופנועים ונסעו לעבר השער המערבי של קיבוץ סופה.

06:52 ארבעת המחבלים הגיעו לשער המערבי של הקיבוץ וניסו לחדור לשטחו. לאחר מספר דקות הרגו המחבלים חבר כיתת כוננות שהגיע עם רכבו אל השער. לאחר שחדרו אל הקיבוץ התפצלו המחבלים לשתי חוליות והחלו במסע הרג, הרס והשחתה בקיבוץ.

06:53 מפקד הפלוגה הגזרתית 'סופה' הנחה את כוחותיו לצאת להגנת היישובים חולית, ניר יצחק וסופה.

07:00 החלה מתקפת המחבלים על מחנה סופה וסביבתו, הנמצא מאות מטרים מקיבוץ סופה. בהמשך המחבלים הצליחו לשלוט מבצעית ברוב שטח המחנה פרט לחדר האוכל בו היו נצורים 30 חיילים. בקרב על המחנה נפלו תשעה חיילים ונפצעו כ-30.

במקביל התפתח קרב נוסף באנדרטת דנגור בסמוך לכניסה המערבית לקיבוץ סופה, בו נלחמו כוח של 19 לוחמים מסיירת נח"ל מול המחבלים. במהלך הקרב נפלו ארבעה לוחמים בהם מפקד הפלוגה הגזרתית, ומפקד מחלקה מסיירת נח"ל, ונפצעו שישה לוחמים. בקרבות נוספים בסמוך למחנה נפצעו שבעה לוחמים נוספים. מדרום למחנה נפצעו שבעה אנשי צוות של נגמ"ש אכזרית, מצוות הקרב המשוריין של פלוגת סופה, שהושבת מירי המחבלים.

בכביש הגישה למחנה סופה נפל גם סגן מפקד סיירת נח"ל, שהיה מפקד הגדוד הגזרתי באותה שבת. הפגיעה בפיקוד ובשליטה על כוחות הצבא בשעות הבוקר כללה גם את נפילת מפקד החטיבה הדרומית, פציעתו של סגן מפקד החטיבה ונפילתם של מפקד סיירת נח"ל 934 ושל מפקד חטיבת הנח"ל שעשו את דרכם לגזרה. מפקדות הגדוד, החטיבה והאוגדה היו תחת התקפה. נוכח עוצמת ההתקפה ולאור נפילת מפקד הפלוגה וסגן מפקד הגדוד התרכזו כלל הכוחות של הפלוגה בקרבות במחנה ובאנדרטת דנגור ולא יצאו להגנת היישובים הסמוכים.

07:29 באותו הזמן נמשכה התקפת המחבלים בקיבוץ סופה. ארבעת המחבלים בקיבוץ סופה ירו לתוך ביתו של תושב הקיבוץ ורצחו אותו.

07:34 הרבש"ץ הבחין בשני מחבלים סמוך לביתו, פתח בירי לעברם וחיסל אותם. כרבע שעה לאחר מכן הבחין הרבש"ץ פעם נוספת בשני מחבלים, פתח בירי וחיסל גם אותם. בכך הסתיימה ההתקפה הראשונה על הקיבוץ. בין 07:50 ל-10:30 לערך, כיתת הכוננות התארגנה ללחימה מול המחבלים, בזמן זה לא בוצע רצח או חטיפה בקיבוץ.

מתקפה שנייה על הקיבוץ

10:30 כ-30 מחבלים התרכזו באזור הפרדסים שמצפון לקיבוץ, והחלו לירות לעבר בתי הקיבוץ. בעקבות הירי, הוזעקו כוח הרבש"ץ, כוח כיתת הכוננות ושני אזרחים חמושים נוספים לצפון-מזרח הקיבוץ. אלה השיבו באש לעבר המחבלים. במהלך חילופי האש נפצע חבר כיתת הכוננות באורח אנוש ולאחר מכן מת מפצעיו. ירי הכוחות בלם את התקדמות רוב המחבלים והרג חלק מהם. בהמשך הצליחו לחדור מספר מחבלים לשטח הקיבוץ בחסות הירי המסיבי. עם זאת, המחבלים לא הצליחו להתקדם לעבר הבתים והסתתרו בעמדות ירי מאולתרות בתוך הקיבוץ. אש המחבלים מהפרדסים לעבר שטח הקיבוץ נמשכה עד הגעת כוחות התגבור למקום. בחילופי האש נפל חבר כיתת הכוננות.

הגעת כוחות תגבור לקיבוץ ובלימה המתקפה השנייה

11:53 לשער הקיבוץ המערבי הגיע כוח התגבור הראשון. כוח זה, בפיקוד סגן מפקד אוגדה, 80 כלל שישה לוחמים, בהם מפקד יחידת הלוחמה בטרור (לוט"ר) אילת יחד עם שלושה מלוחמיו. הכוח נכנס אל הקיבוץ והחל לסרוק אותו.

12:20 הכוח חבר אל הרבש"ץ והצטרף ללחימה במחבלים בצפון – מערב הקיבוץ. הכוח הסתער לעבר שישה מחבלים שחדרו לקיבוץ, וחיסל אותם. במקביל, נמשכו חילופי האש עם עשרות המחבלים שהיו בפרדסים מחוץ לקיבוץ.

במהלך הלחימה, סגן מפקד אוגדה 80 יצר קשר עם מפקד טייסת 190, ששימש כטייס מסוק קרב, וביקש שיתקוף את עשרות המחבלים שהיו בפרדסים. מסוק הקרב תקף בשני גלים את המחבלים, הרג רבים מהם והפסיק את אש המחבלים לעבר הקיבוץ.

הגעת כוחות תגבור נוספים וטיהור הקיבוץ

14:00 הגיעו כוחות תגבור נוספים מיהל"ם ולוט"ר אילת אל שער הקיבוץ, לאחר שנשלחו על ידי אוגדה 80 והחטיבה הדרומית. הכוחות נכנסו לקיבוץ והחלו לסרוק אותו. עד שעות הערב יצאו משטח הקיבוץ כוחות התגבורת מאוגדה 80, והאחריות על טיהור הקיבוץ עברה לכוח מיחידת יהל"ם.

18:30 טיהור הקיבוץ הושלם והאחריות על הקיבוץ עברה מכוח יחידת יהל"ם לכוח מבית הספר לחי"ר.

8 באוקטובר פינוי תושבי הקיבוץ בהובלת צוות החירום היישובי (צח"י).

ממצאי התחקיר, שבוצע בראשות אלוף-משנה שמר רביב ובהשתתפות חברי צוות תחקור נוספים, הוצגו למשפחות השכולות ולקהילת הקיבוץ. התחקיר סוכם על ידי מפקד פיקוד הדרום לשעבר, אלוף ירון פינקלמן. התחקיר ארך יותר משנה וכלל ראיונות ושיחות עם כוחות הביטחון שלחמו בשטח ועם תושבי הקיבוץ, קטעי וידאו ממצלמות אבטחה, סרטון השחזור המשטרתי, סרטונים שצולמו על ידי אזרחים ותוצרי חקירות של מחבלים. מצה"ל נמסר כי "נוכח הנסיבות הקשות והמורכבות, ייתכן ונפלו בתחקיר אי דיוקים וסביר להניח כי פרטים נוספים יתגלו בעתיד".