שני בכירי שב"כ לשעבר קיבלו 'צו הבאה' ממשרד מבקר המדינה, אחרי שלדבריו לא הצליחו לקבוע עימם מועד לפגישה. המבקר אינו מרבה להשתמש בצו זה, ואי-הגעה של השניים לזימון עלולה לגרור סנקציות.

לאורך המלחמה מבקר המדינה ביקש לקיים ביקורת מלאה בצה"ל ובשב"כ, וביקורת אכן נערכה בגופים אלה אך לא באופן מקיף ולא בשיתוף פעולה מלא, לאחר שהרמטכ"ל דאז הרצי הלוי וראש השב"כ דאז רונן בר אמרו כי ביקורת מעמיקה בזמן לחימה עלולה לפגוע במאמץ הלחימה של הארגונים בחזיתות השונות, ולהסיט את הקשב מהלחימה לטובת עיסוק בביקורת חיצונית. בגופי הביטחון אמרו כי יהיו מוכנים לעמוד לביקורת מלאה ומקיפה בתום המלחמה ובמסגרת ועדת חקירה ממלכתית. לצד זאת, בגופי הביטחון קיימו הליכי תחקור פנימיים, שלפי הערכות הם אלה שהיו הבסיס לרוב המידע שנמסר למבקר המדינה.

מתיחות נרשמה בין צה"ל ושב"כ למבקר המדינה, לאחר שבמשרד המבקר התלוננו על כך שבצה"ל מתייחסים בחשדנות למבקר, עונים תשובות חלקיות, שולחים לביקורות קציני מטה באופן כמעט נציגותי, ומקליטים את מפגשי הביקורת.

בעתירה לבג"ץ שהגיש המבקר נגד צה"ל, שב"כ והמוסד בנושא, נקבע שיתקיים הליך מדורג של ביקורת, ושלצד הצורך בקיום ביקורת סמוך ככל הניתן לאירועים, יש להתחשב בצורכי הביטחון ולמצוא מועדים משותפים לביקורת.

לעורכי הדין של שני בכירי השב"כ נשלח מכתב הוראה להתייצבות לפגישת ביקורת והצגת המסמכים הרלוונטיים שברשותם. "כשלושה חודשים לאחר פרוץ מלחמת חרבות ברזל הודיע מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור על פתיחה בביקורת בכל הנוגע לאירועים שהובילו לטבח 7 באוקטובר ומלחמת חרבות ברזל", נכתב לבכירים לשעבר. "במסגרת זו בודק מבקר המדינה את התנהלות כלל הדרגים – המדיני, הצבאי והאזרחי, החל מראש הממשלה והשרים הרלוונטיים ועד לראשי מערכת הביטחון והבכירים שהיו בתפקידם לפני 7 באוקטובר ובמהלך המלחמה".

במשרד המבקר הוסיפו כי החלה ביקורת בשב"כ בנושאי הליבה של אירועי 7 באוקטובר בהתאם למתווה שגובש בין מבקר המדינה מתניהו אנגלמן ובין ראש השב"כ, ובהמשך גם להחלטות בג"ץ.