מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן, הגיע בצהריים לבית המשפט העליון והדף את הטענות שלפיהן עבודתו פוגעת בחקירת אירועי ה-7 באוקטובר. "אין מנגנון אחד שבה על חשבון מנגנון שני", טען אנגלמן בתגובה לעתירות שהוגשו נגדו על ידי התנועה לאיכות השלטון, הסנגוריה הצבאית ומועצת אוקטובר, אשר טענו כי פעולתו עלולה לייתר את עבודתה של ועדת חקירה עתידית ובכך לפגוע בחקירה כולה.

לדבריו, מטרת הביקורת בארבעת נושאי הליבה של הטבח – שאותם בג"ץ הקפיא בסוף חודש דצמבר – אינה מתערבבת בפעולתה של ועדת החקירה לכשתקום, ולמעשה מתנהלת בנפרד ממנה. זאת מכיוון שבניגוד לוועדת חקירה, ביקורת המדינה מתמקדת אך ורק בבחינת חוקיות הפעולות ו"עבודת מטה", כדבריו. מטרתה היא לתקן ליקויים בהתנהלות מערכת הביטחון, ולא לבחון את המדיניות ואת תהליכי קבלת ההחלטות שעמדו מאחוריהן.

אנגלמן התייצב בעצמו בבית המשפט – צעד חריג כשלעצמו – כדי להציג את גרסתו ולהדוף את הביקורת הנשמעת נגדו מזה למעלה משנה, שלפיה הוא מנסה למסמס את החקירה. הוא התעקש שפעולתו דווקא תקדם את עבודת הוועדה, והביע תקווה כי היא תקום בקרוב. במקביל, טען אנגלמן כי הקפאת החקירות וההתערבות המשפטית בסמכויותיו עלולות לפגוע במוסד המבקר כולו: "עצמאותו וסמכותה של ביקורת המדינה נמדדת באירועי אסון. תנו לנו למלא את תפקידנו בדמוקרטיה הישראלית".

תחומי הביקורת שהקפיא בג"ץ ואשר עומדים בלב המחלוקת, עוסקים כולם בסוגיות ביטחוניות ומדיניות: הגנת הגבול ברצועת עזה לפני המלחמה, תהליכי העבודה בדרג המדיני ובקהילת המודיעין לפני המלחמה, פעילות הדרג המדיני, צה"ל ושב"כ ב-7 באוקטובר עצמו, והליכי האישור לקיום מסיבת ה"נובה". לדעת המבקר, אין הבדל מהותי ביניהם לבין עשרות הנושאים האחרים שכבר בדק. מנגד, טוענים מבקריו כי הוא מסרב להכיר בכך שמדובר באירועים יוצאי דופן, וכי אף אם הדבר מצוי בסמכותו – אין זה ראוי שיחקור אותם כעת. "אין ספק שמבקר המדינה מוסמך לבחון את מערכת הביטחון", קבעה השופטת דפנה ברק-ארז, "אך לפנינו לא נושא רגיל, אלא, המלחמה המרה ביותר בתולדות ישראל".

נציגי הצבא בדיון טענו כי נושאי החקירה הכבדים שאותם לקח על עצמו המבקר אינם יכולים להיחשב כ"עוד ביקורת", וכי הלכה למעשה – מדובר בפעולה שרק לוועדת חקירה יש סמכות להוביל. "מה שהמבקר עושה זו לא ביקורת, אלא חקירה", טען עו"ד אביגדור קלגסבלד, המייצג את הסנגוריה הצבאית. לדבריו, בדיקתו של המבקר מיותרת וצריכה להיפסק באופן מיידי, ללא קשר לשאלה אם תוקם בקרוב ועדת חקירה, וזאת מחשש לזיהום עדויות: "הם קוראים לזה תהליך, אבל בפועל זו בדיקת מדיניות. מבקר המדינה הוא לא הגוף המתאים לחקור את השבעה באוקטובר".

עו"ד תומר נאור מהתנועה לאיכות השלטון דרש מהשופטים שלא ייעשה שימוש בטיוטות החקירה שכבר נכתבו בארבעת נושאי הליבה, בשל הפגיעה בזכויות הנחקרים. לטענתו, בניגוד לוועדת חקירה – המזמינה נחקרים ומאפשרת להם להגיב בזמן אמת – הליך הביקורת מאפשר למבוקרים להגיב רק בדיעבד, באמצעות מתן התייחסות לטיוטה כתובה.

אנגלמן טען כי קצינים שהתלוננו על אופן הבדיקה בעניינם זכו ליחס פרטני, וכי כבודו של הצבא נשמר. אולם, בתנועה לאיכות השלטון מסרבים לקבל את ההסבר וטוענים כי פעולת המבקר אינה מוגבלת למקרים ספציפיים בלבד, אלא מדובר במנגנון ביקורת אשר חולש על כלל בדיקות העומק ופוגע בהליך החקירה כולו: "אנחנו כבר לא רחוקים מוועדת החקירה, הדבר הנכון הוא לגנוז את הטיוטות".