ראש הממשלה בנימין נתניהו קיים לפני זמן קצר שיחת עדכון בעקבות הפיגוע עם כל ראשי מערכת הביטחון בהשתתפות שר הביטחון אביגדור ליברמן, השר לביטחון פנים גלעד ארדן, הרמטכ״ל, רב אלוף גדי אייזינקוט, ראש השב"כ יורם כהן, מפכ"ל המשטרה יוסי אלשיך, מתאם פעולות הממשלה בשטחים האלוף פולי מרדכי. מלשכת נתניהו נמסר כי בתום השיחה הוחלט להטיל סגר על הר הבית מסיבות ביטחוניות ועוד הוחלט כי כוחות הביטחון יבצעו סריקות לוודא שאין עוד נשק על הר הבית. עוד הוחלט בישיבה כי הסטטוס קוו במתחם ההר יישמר.

בהערכת מצב נוספת שקיים ראש הממשלה כמה שעות מאוחר יותר הוא הנחה את גורמי הביטחון לפרק את סוכות האבלים שהקימו משפחות המחבלים באום אל-פאחם. כמו כן הוחלט להמשיך את החקירה במהלך סוף השבוע ובכפוף להערכת מצב ביום ראשון, לפתוח את הר הבית למתפללים ומבקרים באופן הדרגתי.

מלשכת ראש הממשלה נמסר כי ראש הממשלה בנימין נתניהו שוחח בטלפון עם יו"ר הרשות הפלשתינית אבו מאזן, שגינה בשיחה את הפיגוע בהר הבית.
רה"מ נתניהו הבהיר שישראל תנקוט את כל הפעולות הדרושות כדי להבטיח את הביטחון בהר הבית, ללא שינוי בסטטוס קוו.

השר לבטחון פנים גלעד ארדן אמר לאחר הפיגוע כי, "הפיגוע היום הוא אירוע קשה וחמור שנחצו בו קווים אדומים, הפיגוע נמצא עדיין בחקירה ויחייב אותנו לבחון את כל סידורי האבטחה בהר ובסביבתו." עוד יצא ארדן במסר ברור להרגעת השטח, "אני קורא לכל מנהיגי הציבור לפעול להרגעת המצב ולשמירה על השקט בירושלים."

שר הביטחון, אביגדור ליברמן, אמר כי "מי שהופך מקום קדוש לזירת פיגוע טרור, מבצע מעשה נתעב שמטרתו להצית אש בין בני הדתות השונות, ולערער את היציבות במדינת ישראל ובאיזור כולו. מדינת ישראל תמשיך להילחם בנחישות, בעוצמה ובלי פשרות במחבלים, בשולחיהם, ובמי שמסית אותם.

"אני מחזק את ידיהם של חיילי צה"ל, שוטרי משטרת ישראל ושאר אנשי כוחות הביטחון במאבקם היומיומי האמיץ בטרור. אני משתתף באבלן הכבד של משפחותיהם של האיל סתאוי וכמיל שנאן זכרם לברכה, השוטרים שנרצחו בפיגוע הטרור הבוקר".

בהודעה שהוציאה משטרת ישראל לאחר ביקור המפכ"ל, רוני אלישך, בזירת הפיגוע ולאחר שנערכה חקירה ראשונית נכתב: "במשטרה ציינו כי מדובר בפיגוע רצחני וחריג שמהווה קו אדום בו חולל מקום תפילה דתי על ידי מחבלים שניצלו את חופש הדת לצורך מימוש פיגוע טרור שכוון כלפי שוטרים.

המשטרה הגיבה במיידי ולפי הנחיית מפקד המחוז נסגרו שערי הר הבית ותפילות יום השישי לא יתקיימו וזאת לצורך סריקה מבצעית בשטח ועד לקיום הערכת מצב מבצעית.
המשטרה ממשיכה בפעילות מבצעית תוך תגבור הכוחות ופריסה הן בתוך שטחי העיר העתיקה , מבואותיה ושטחי הר הבית והן בגזרת ירושלים ועוטף ירושלים במטרה לשמור על השקט והבטחון ולהחזיר את הר הבית לשגרה"

במערכת הפוליטית מיהרו להגיב לפיגוע הרצחני הבוקר בשער האריות

יו"ר מפלגת העבודה, אבי גבאי אמר כי "שוב אנו עדים לפיגוע טרור נאלח שבוצע בידי מרצחים נתעבים. אני סומך על כוחות הביטחון של ישראל שינקטו ביד קשה נגד שולחיהם של המרצחים ומשתפי הפעולה שסייעו להם. ואני שולח איחולי החלמה לפצועים."

ראש האופוזיציה, ח"כ יצחק (בוז'י) הרצוג (המחנה הציוני) אמר, ‏"פיגוע חמור וכואב מאד במקום הרגיש ביותר. מחזק את ידי הלוחמים וכוחות הבטחון, מתפלל להחלמת הפצועים. נתגבר בלי התלהמות, בקור רוח ואחריות."

השר להגנת הסביבה, לירושלים ומורשת, זאב אלקין, אמר כי, "השימוש הציני בהר הבית, כמעין שטח של חסינות להסתה וטרור יצטרך להיפסק. אנחנו לא ששים לפעול בהר הבית, אבל כשצריך נפעל. עצם הרצון של המחבלים להשתמש בהר הבית מתחיל בהסתות, בעבר היו הרבה אירועים של הפרת סדר, שהפסיקה בעזרת מאמצי כוחות הביטחון והשר לביטחון פנים".

שר הביטחון לשעבר ח״כ עמיר פרץ (המחנה הציוני) אמר, "מתפלל לחייהם ולהחלמתם של הפצועים בפיגוע המזעזע במתחם הר הבית. מחזק את  כוחות הביטחון על הפעולה הנחרצת נגד המפגעים, כי אין פשרות במלחמה בטרור ונפעל בכל הדרכים למנוע פעולות אלה, להגיע למעודדי הטרור ולמשלחיהם. אני מחזק את משפחות הלוחמים ומאחל שבת שקטה לכל עם ישראל״

שרת התרבות והספורט מירי רגב התייחסה לפיגוע הבוקר בירושלים ואמרה בניגוד לעמדת ראשי מערכת הביטחון כי יש לשנות את הסטטוס קוו בהר, "הפיגוע הרצחני שיצא היום ממתחם הר הבית, מחייב בחינה מן היסוד של הסטטוס בהר" והוסיפה כי, "הווקף צריך לנהל אך ורק את המסגד ולא את ההר כולו שהינו בריבונות ובאחריות ממשלת ישראל. רק כך יחזור השקט והביטחון להר ולעיר העתיקה. נתפלל כולנו לשלומם של הפצועים ומאחלת להם החלמה מהירה."

ח״כ רחל עזריה (כולנו) סגנית ראש העיר ירושלים לשעבר וחברה בועדת חוץ ובטחון אמרה, ״הפיגוע היום מהווה עליית מדרגה חמורה ומסוכנת. שולחת הערכה לשוטרים וללוחמי מג״ב שמגינים עלינו יומם וליל. בין אם בשוק מחנה יהודה ומרכז העיר ובין אם בעיר העתיקה, בכותל והר הבית. הם אלו שמאפשרים לתיירים ומתפללים להגיע בבטחה. אני סמוכה ובטוחה שכוחות הביטחון ימשיכו לעשות את עבודתם נאמנה כמו שעשו עד עכשיו כדי שהחיים בירושלים ימשיכו כרגיל. עברנו תקופות קשות בעיר והניצחון על הטרור הוא להמשיך ולבוא לירושלים. מאחלת איחולי החלמה מהירה לפצועים.״