יכולות המערך האווירי של ארגון הטרור ספגה פגיעה משמעותית לאורך תקופת הלחימה, בין היתר לאחר שסוכלו חוליות טיל זעיר קרקע אוויר, חוליות כלי טיס בלתי מאוישים וחוליות רחפנים – טרם הוציאו לפועל פגיעה בכוחותינו.

כמו כן, בראשית הלחימה הושמדה מערכת גילוי כלי טיס שפיתח חמאס במשך שנים, והוחבאה בתוך דודי מים על גגות של בתי אזרחים ברצועה, במטרה לזהות ולעקוב אחר כלי טיס של צה"ל. בכך, נשללה מחמאס היכולת לייצר תמונת שמיים רחבה. עוד הותקפו מאות מטרות בזירה הדרומית, בהן מחסני אמל"ח, דירות מסתור ודירות מבצעיות של בכירים במערך, וכן עשרות עמדות משגר שכיוונו טילים לתוך שטח הרצועה במטרה לפגוע בכוחות המתמרנים, ועשרות עמדות שיגור כטב"ם שהוצבו על גגות בתי אזרחים.