לפי גורמים בטורקיה, מארגני המשט טענו כי "ישראל מפעילה מהלכים דיפלומטיים נרחבים למנוע את המשט". לטענת המארגנים, גורמים בישראל לחצו על גינאה-ביסאו שלא לאשר את הנפת הדגל שלה על הספינה המרכזית של המשט "אקדניז". הדין הבין-לאומי הימי קובע כי אסור לספינה להפליג ללא דגל. אם כן – זו עילה למעצר.