ראש המטה לביטחון לאומי, צחי הנגבי, ודובר משרד החוץ, ליאור חייט, מסרו בהודעה משותפת: "ההאשמות של דרום אפריקה נגד ישראל בדבר 'השמדת עם' הן שקריות, מקוממות ומעוררות שאט נפש. ישראל לא קיימה ולא תקיים פעילות צבאית ברפיח שיוצרת תנאי מחייה שעלולים להביא להשמדתה של אוכלוסייה אזרחית פלסטינית, כולה או חלקה". לדבריהם, "ישראל תמשיך במאמציה לאפשר כניסת סיוע הומניטרי לרצועה בהתאם לדין, ותשמור על מעבר רפיח פתוח".