הצבא התייחס לחשיפת החקירה נגד אלוף (מיל') מרדכי בפרשת קטאר-גייט: "מבלי להתייחס לחקירה המתנהלת מחוץ לצה"ל, האלוף מרדכי נמצא בשירות מילואים מאז תחילת המלחמה, וממשיך בשירותו".

"האלוף מרדכי כפוף למפקדת החטופים ורתום באופן מלא למפקדת החטופים, הוא אינו מנהל מו"מ ישיר עם המתווכות, אך תרומתו משמעותית ביותר ולעיתים אף קריטית למאמץ. לכל אורך הדרך עמדותיו המקצועיות היו אמיצות ונטולות פניות ותרמו רבות לעשייה".