הנהלת רכבת ישראל פנתה לבית הדין לעבודה בטענה כי ועד העובדים נוקט עיצומים, בניגוד להוראת בית הדין, ומונע את נסיעת המבחן של הרכבת בקו החשמלי מירושלים לתל אביב, שנחוצה להפעלתו של קו ישיר בין היעדים שלא כולל החלפה בנתב"ג, כפי שנדרש כיום. בוועד עובדי הרכבת הכחישו בתוקף את הטענות, והוסיפו כי מדובר בנסיון לחפות על מחדל לוגיסטי של הנהלת הרכבת, שעלול לסכן את העובדים והנוסעים.
בוועד פרסמו מכתב ששלחה יו"ר הוועד גילה אדרעי להנהלת החברה, בו התריעה כי 11 הקרונות החשמליים שהוזמנו מחברת בומברדיה במהלך שנת 2018 הגיעו בלא הספרות המקצועית והטכנית הנדרשת להפעלתם, על אף שהם מבוססים על טכנולוגיה חדשה שלא הייתה קיימת בעבר ברכבת ישראל. לטענת הוועד, הקרונות נקלטו בחברה מבלי שהעובדים הודרכו באשר לאופן תחזוקתם ולסוג הרכיבים החלופיים שיש להזמין להם ואופן תיקונם, ככל הנראה בשל מחלוקת בין החברה הגרמנית והרכבת באשר למי מהן אמור לבצע הכשרות אלו.
בתגובה לפניית ההנהלה לבית הדין נמסר מוועד הרכבת כי "הטענות שוב שקריות ומנותקות מהמציאות. מדובר בניסיון לספין מביך בתגובה לזה שהוועד משקף את המחדלים של הנהלת הרכבת, בעל פה ובכתב ובאופן מסודר. זוהי מדיניות של איש אחד, אורי שריר (מנכ"ל רכבת ישראל בפועל, נ.צ.כ), שמוביל משחקי כוח בניסיון לפגוע בוועד העובדים ובעומדת בראשו."
עוד נמסר מהוועד כי "כפי שכתבנו בתגובתנו להחלטת בית המשפט, גם אם עובדי הרכבת יעבדו מידי שבת, ללא הפסקה, קו הרכבת החשמלי מנתב"ג לתל אביב לא יוכל לפעול, ולא בגלל העובדים אלא בגלל מחדליה הקשים של הנהלת הרכבת". עוד נכתב כי "העובדים שאמורים לעשות את נסיעת המבחן נמצאים בעבודה כבר משעות הבוקר, וועד העובדים לא מונע ביצוע עבודות. אנחנו מקווים שיהיה בהנהלה מי שיעצור את אורי שריר שנראה שמוביל את הנהלת הרכבת, שוב, למלחמות קטנות ומיותרות, ושההנהלה תתחיל להשקיע בתיקון המחדלים והתקלות ובשיפור השירות ברכבת. ויפה שעה אחת קודם".
לצד הטענות על פגיעה בנסיעת המבחן, האשימו בהנהלת הרכבת את ועד העובדים גם ב'התחלוּת' של שבעה נהגי קטר, שהצהירו על מחלה ברביעי האחרון. ביוני 2019, קבעה ועדת בדיקה בראשות השופט בדימוס אמנון סטרשנוב שמונתה על ידי יו"ר ההסתדרות ארנון בר-דוד, כי הוועד לא היה מעורב ב"התחלוּת" קודמת של עובדים באפריל 2019 ואף פעל במטרה לסייע למצוא עובדים חלופיים לעובדים שנעדרו.
