משטרת צרפת דיווח הערב (שבת) כי כומר נורה בזמן שסגר את הכנסייה היוונית-אורתודוקסית בעיר ליון. הרשויות מחפשות אחר היורה. גורם במשטרת ליון אמר לסוכנות הידיעות איי.פי כי הכומר, אזרח יוון, הועבר לבית החולים המקומי כשהוא סובל מציעות מסכנות חיים, אחרי שנורה בבטנו. על פי אותו גורם, היורה פעל , ככל הנראה, לבדו והשתמש ברובה ציד.
לפי הודעה של התביעה בליון, מספר תושבים, כמו גם ניידת סיור, שמעו יריות סמוך לכנסייה בשעות הערב. כשהשוטרים הגיעו למקום הם ראו אדם נמלט מהזירה ואת הכומר הפצוע סמוך לכניסה האחורית.
המשטרה תחמה אזור מגורים נרחב סביב הכנסייה, וקראה לציבור שלא להתקרב למקום באמצעות הרשתות החברתיות. כתב של סוכנות הידיעות איי.פי דיווח על סרטי משטרה שנמתחו באזור ותנועה ערה של ניידות משטרה. משטרת צרפת צייצה בדף הטוויטר שלה כי מתרחש כעת "אירוע משמעותי בתחום בטיחות הציבור".
ראש עיריית ליון, גרגורי דוסט אמר לעיתונאים כי "אין תאוריה מועדפת, ולא פסלנו אף תאוריה . אנחנו עדיין לא יודעים את המניע לתקיפה הזו.
אנטואן קאלו, עומר בכנסייה יוונית אורתודוקסית נוספת בעיר, אמר לסוכנות הידיעות איי.פי כי הכומר שנורה הוא ניקולאס קאקאוולאקיס, בן 45 ואב לשניים. קאלט אמר כי הקהילה הייונית-אורתודוקסית לא קיבלה איומים לפני האירוע, אך הוא פנה למשטרה בבקשה להציב אבטחה בכנסייה בראשה הוא עומד.
כוחות המשטרה ללוחמה בטרור לא מעורבות עדיין בחקירת האירוע בליון, אך שר הפנים הכריז על מצב חירום מיוחד, במהלכו יעקבו כוחות אלה אחרי האירוע עד לתפיסת התוקף.
ראש ממשלת צרפת, ז'אן קסטקס, חזר על הבטחת ממשלתו להציב כוחות צבא באתרים ובבתי ספר דתיים. הוא אמר כי תושבי צרפת יכולים "לסמוך על האומה שתאפשר להם לקיים את פולחן הדת שלהם בביטחון וחופש מלאים".
הירי בליון אירע יומיים אחרי שמחבל מוסלמי ביצע פיגוע דקירה בכנסייה קתולית בעיר ניס, בו נהרגו שלושה בני אדם. הפיגוע בניס בוצע על רקע מתיחויות סביב קריקטורות שפורסמו בעיתון ההומור הצרפתי שארלי הבדו, שלעגו לנביא מוחמד.