"הלבנת אלמוגים" נצפתה לראשונה באלמוגים בשונית באילת שנחשבו חסינים מפניה עד כה. התופעה, שפוגעת באלמוגים בכל רחבי העולם, קשורה בעליית טמפרטורת מי הים לצד עלייה בחומציותם. אף שהאלמוג מצליח להתאושש לעיתים, היא עלולה לגרום למותם של אלמוגים רבים. ההלבנה נצפתה בשוניות אלמוגים בכל רחבי העולם, אולם עד כה מעולם לא הגיעה לאלמוגי אילת, שנחשבו לחסינים יותר כלפיה, כנראה בשל ברירה טבעית נוקשה יותר שהתרחשה במפרץ אילת, וכן משום שזו השונית הצפונית ביותר.
צבע האלמוגים מגיע מאצות זעירות בתוך האלמוג. האלמוג עצמו הוא חיה, ולא צמח, אך האצות מקיימות איתו סימביוזה בייצור חומרים מזינים. הלבנת אלמוגים (coral bleaching) היא מצב שבו עקב חוסר יכולת להתמודד עם תנאי הסביבה, על פי רוב בשל טמפרטורת מים גבוהה, פולט האלמוג את האצות בניסיון להתאושש. לעיתים, אם המצב משתפר, האלמוג מסוגל לשוב ולספוח אצות חדשות, אולם אם לא, האלמוג 'גווע ברעב' ומת.
במחקר מ-2019 לקחו המדענים אלמוגים מהשונית באילת והציבו אותם בתנאים קשים עוד יותר, במובנים של חומציות המים ומידת חומם, מאשר אלו שישנם היום במפרץ – שכבר נחשבים קשים יחסית לעולם. האלמוגים שרדו והצליחו להעמיד צאצאים, ובכך נתנו תקווה שגם אם המצב בעולם יוחמר בעתיד, האלמוגים באילת יוכלו להסתגל לשינויים ואולי אף לסייע לאכלס מחדש את השוניות שנפגעו ברחבי העולם.
אלא שכעת נראה כי גם הזן האילתי העמיד יותר כבר אינו מצליח לעמוד בעלייה המתמדת בטמפרטורת מי הים. האירוע סוקר במאמר בכתב העת אקולוגיה וסביבה, מפי ד"ר אסף זבולוני, אקולוג מפרץ אילת ברשות הטבע והגנים, ושני חוקרים מהמכון הבין-אוניברסיטאי למדעי הים באילת – ד"ר יונתן שקד ופרופ' מעוז פיין. לפי החוקרים, אם המצב יימשך, זה עלול לסתיים במוות נרחב של אלמוגים בשונית.
בשנים האחרונות חלה החמרה במצב השונית – ירידה בהיקפי האלמוגים, הידלדלות של חלק מחיות הים שמאכלסות אותה, וכעת גם ההלבנה. על פי המשרד להגנת הסביבה, חלק מההחמרה מגיעה מהעלייה הכללית בטמפרטורת מי הים כחלק מההתחממות הגלובלית, אולם במשרד מודאגים מאוד גם מגורמים אנושיים באילת. השונית באילת מוגדרת "שונית חגורה", כלומר כזו שנמצאת קרוב מאוד לרצועת החוף, ולכן רגישה במיוחד לפגיעות מזיהום, מבנייה לא אחראית או ממגע אנושי.
המשרד להגנת הסביבה וארגוני סביבה שונים מנהלים מערכה ארוכה כנגד חברת קצא"א, שמסוף הדלק שלה שממוקם באילת חשוד בזיהומים כבדים, ושדורשת לקבל אישור להגביר את מעבר הנפט במפרץ. על פי המשרד, זו תהיה הפרה מסוכנת של מדיניות "אפס תוספת סיכון במפרץ אילת", וסיכון חמור של החי והצומח בשונית. לטענת המשרד להגנת הסביבה, גם ללא הגברת הכמויות, מסוף קצא"א מהווה סכנה גדולה ומכליות הנפט ששטות אליו עלולות לגרום לאסון רבתי, לדברי בכירים במשרד, אם אפילו אחת מהן תפגע.
במחקר שפרסם המשרד מוקדם יותר השנה, ונידון במושב מיוחד בכנסת של השדולה הסביבתית, הראה המשרד נתונים שלפיהם הזיהום במפרץ אילת הוא החמור ביותר בחופים הסמוכים לנמל קצא"א. על פי השרה, עידית סילמן, הנתונים מוכיחים כי חברת קצא"א היא האשמה המרכזית בזיהום בנמל.
בחברת קצא"א הכחישו, והאשימו את הפגיעה בשונית בפיתוח החופים ובשימוש הציבורי בהם. כך או כך, הנתון החדש מדאיג רבים בקרב חוקרי האלמוגים.
