במאגר מרכז לאומי לאבטחת נוסעים (מלא"ן), שבו נמצאים הנתונים של צוותי האוויר של כל הטיסות שנכנסות לישראל, מופיע רק דרכון אחד עבור כל טייס, כך על פי רשות המסים.
כלומר, אם טייס של חברת תעופה זרה מחזיק למשל בשני דרכונים, אחד בריטי ואחד עומאני, במאגר, במאגר יופיע רק דרכון אחד מתוך השניים. משמעות הדבר היא שאם טייס מחזיק גם בדרכון של מדינה שהטיסות ממנה לישראל אסורות מסיבות ביטחוניות, למשרד התחבורה לא תהיה דרך לדעת זאת אם הוא לא משתמש בדרכון זה.
בתגובה לשאלת 'דבר' אישרו ברשות המסים, שמפעילה את המאגר, כי המערכת פועלת "בהתאם לתקנים הבינלאומיים המקובלים ובהתאם לחוק. המלא"ן מקבל מחברות התעופה את פרטי הדרכונים של אנשי הצוות". על פי התקנים הבינלאומיים נדרשים הצוותים להציג רק דרכון אחד.
האיסור על כניסה לישראל של צוותי אוויר בעלי דרכון של מדינה עוינת הוא קו הגנה ראשוני ובסיסי יחסית. אולם מהחקירות שנעשו לאחר מחדל 'פליי דובאי' עולה כי אם היו פועלים על פיו, טייס המשנה בטיסת 'פליי דובאי' שהחזיק בדרכון עומאני, לא היה כלל על בטיסה שיעדה ישראל והניסיון לרסק את המטס על נוסעיו הישראלים, לא היה קורה.
בשבועות שלאחר ניסיון הפיגוע התברר שלמרות המנגנון שאוסר כניסה של אנשי צוות ממדינות עוינות, בשנה האחרונה נכנסו מאות אנשים בעלי אזרחות ממדינות כאלה לישראל. ברשות המיסים חשפו כי במשרד התחבורה היו אמורים לשאוב את הנתונים האלה מהמלא"ן – שהוקם לטובת מטרה זו לפני כשלוש שנים – אך לא עשו כך אף לא פעם אחת עד לאחר ניסיון ריסוק מטוס 'פליי דובאי'.
במשרד התחבורה השיבו כי לא ראו ערך לחיבור למלא"ן משום שאינו כולל את כל הנתונים הנדרשים על פי החוק. במשרד ציינו במיוחד את חוסר יכולתו של המאגר להעביר את נתוני אנשי הצוות 48 שעות לפני הטיסה כפי שמחייב החוק, אלא רק עם סגירת דלתות המטוס. במשרד טענו כי במצב כזה, לא ניתן למנוע מראש את עלייתו של צוות אוויר ממדינות עוינות – מה שמייתר את המאגר. גורמים במשרד הוסיפו ואמרו ל'דבר' כי העובדה שהמערכת כוללת רק דרכון אחד מעלה שאלות לגבי נחיצותו.
למרות טענות משרד התחבורה כי המערכת אינה יעילה, בשבועות האחרונים הוא דווקא התחבר למאגר והשתמש בנתוניו: לפני כשבועיים התגלה במשרד כי טייס בטיסת 'אתיופיאן איירליינס' שהייתה בדרכה לישראל, הוא בעל דרכון אינדונזי. אתיופיה כלולה ברשימת המדינות העוינות לישראל. באגף הביטחון של משרד התחבורה התקבלה החלטה לסובב את המטוס ולהשיבו לאתיופיה.
ממשרד התחבורה לא נמסרה תגובה בנושא.