הפרקליטה הצבאית הראשית, האלופה יפעת תומר ירושלמי, הנחתה את מנגנון התחקור המטכ״לי לתחקר את התקיפה ברפיח אמש, שעל פי דיווחים פלסטיניים גרמה לשריפה ולהרג של אזרחים בלתי מעורבים. מנגנון התחקור המטכ״לי הוא גוף עצמאי שאחראי על בחינת אירועים חריגים בלחימה. המנגנון יתחקר את הנסיבות למותם של אזרחים במרחב התקיפה.
דובר צה"ל הדגיש כי הטענות על כך שהתקיפה בוצעה באמצעות שבעה חימושים במשקל טון הן שקריות. לדבריו, התקיפה בוצעה באמצעות שני חימושים בעלי ראש קרב מוקטן המותאמים לתקיפה מטרות מסוג זה.
עוד נמסר מדובר צה"ל כי טרם התקיפה ננקטו צעדים רבים על מנת לצמצם את הסיכוי לפגיעה בבלתי מעורבים, הכוללים בדיקת חוזי מהאוויר, שימוש בחימוש מדויק ומידע מודיעיני נוסף, שעל בסיסם הוערך כי לא צפוי היה להיגרם נזק לאזרחים בלתי מעורבים. כמו כן, התקיפה לא בוצעה במרחב ההומניטרי באל מוואסי, שאליו צה"ל קרא לאוכלוסייה להתפנות. עוד נמסר כי "צה״ל מצר על כל פגיעה בבלתי מעורבים במסגרת הלחימה".

