בשל היעדר ממשלה קבועה וקושי לבצע שינויים בתקציב המדינה, מועצות אזוריות אינן מקבלות את הכספים הדרושים להפעלת למערך ההסעות ונאלצות להוציא אותו מכיסן. לאחר שהמועצות האזוריות ביהודה ושומרון איימו בחמישי האחרון להשבית את מערכת החינוך, הן קיבלו את הבטחת שר החינוך רפי פרץ להעביר להן תקציבים ייעודיים לנושא. מפנייה של 'דבר' למרכז למועצות האזוריות, עלה כי הבעיה מוכרת במועצות אזוריות נוספות ברחבי הארץ, וכי הכסף אמור להיות מועבר בימים הקרובים.

ביום חמישי האחרון פנה יו"ר מועצת יש"ע דוד אלחייני, לשר החינוך והזהיר שאם לא יימצא פתרון לתקציב הסעות ילדים למוסדות החינוך, הלימודים יושבתו החל מתחילת השבוע. לקראת יום ראשון נמצא מענה חלקי לבעיה כאשר משרד החינוך הבטיח שמחר (שני) תאושר בוועדת הכספים העברת 70 מיליון שקלים לטובת ההסעות, זאת למרות שעלות ההסעות עומדת על כ-120 מיליון שקלים. לדברי מועצת יש"ע, המאגדת את המועצות האזוריות ביהודה ושומרון, התקבלה אצלם הבטחה ממנכ"ל משרד החינוך שלמה אבואב להעביר את יתרת הכספים הנחוצים לפעלת ההסעות כבר בשבוע הקרוב. הסכום הכולל אמור לכסות את ההוצאות של אוקטובר, נובמבר ודצמבר הקרוב, במידה והכסף לא יעובר במלואו כפי שהובטח, המועצות יממנו מכיסן את ההסעות בחודשים אלה.

במכתב לשר פרץ, טען אלחייני  כי הרשויות ביהודה, שומרון ובקעת הירדן לא יצליחו להסיע יותר תלמידים למוסדות החינוך. בכך שהרשויות נכנסו לחודש שלישי בהן הן לא קיבלו כסף מהמדינה. "מזה שנה שהרשויות במדינה מתמודדות בנושאים כספיים ותקציבים בהיעדר ממשלה יציבה" כתב אלחייני, "חלקן נקלעו לגרעונות תקציביים המעמידות אותן בסכנה. אי העברת התשלום עבור ההסעות יחמיר את מצבן." בינתיים, תקציב הסעות תלמידים לבתי ספר, גני ילדים וחינוך מיוחד ביהודה, שומרון ובקעת הירדן מגיע מדי חודש ממשרד האוצר לרשויות המקומיות מכיוון שמערך ההסעות באזור יקר ומסועף. המצב הבטחוני הייחודי שדורש הסעות ממוגנות והוצאות בטחוניות נלוות, כמו גם פיזור ביישובים הרבים (כ-70 במספר) על פני שטח רחב, מייקרת את הפעלת מערך ההסעות באופן משמעותי לעומת מועצות אזוריות אחרות.

גם במועצה האזורית אל-קסום, המאגדת יישובים בדואים בנגב, מתמודדים עם אי-העברת התקציבים הנדרשים לשירותי ההסעות. בתחילת נובמבר הודיעה המועצה כי תפסיק להפעיל את ההסעות לבתי הספר עבור כ-18 אלף התלמידים שבשטחה, מה שבפועל הוביל להשבתת מערכת החינוך במועצה. בספטמבר, עם תחילת שנת הלימודים, השביתה המועצה את הלימודים למשך שבוע כדי למחות על היעדר תקציבים מספקים להפעלת ההסעות. לטענת המועצה, מתחילת המאבק בספטמבר ועד תחילת נובמבר הועברו רק 2.4 מיליון ש"ח למערך ההסעות שהגרעון לתפעולו המלא מסתכם ב-30 מיליון ש"ח. "המסיעים הודיעו ל כי הם לא מתכוונים להמשיך ולסבסד את משרד החינוך", מסר השבוע ראש המועצה, סלאמה אל אטראש.

סוגיית ההסעות היא סוגיה 'תקועה' נוספת במערכת החינוך הציבורי עקב הקפאון הממשלתי. בשבוע שעבר דווח שהתכנית להרחבת מערך הסייעות המלוות ילדים סוכרתיים במעונות היום (שנמצאים באחריות משרד העבודה והרווחה ) הוקפאה מזה כשנה מאז נפילת הממשלה בדצמבר אשתקד, ומאות ילדים סוכרתיים אינם יכולים לקחת חלק במסגרת מעונות היום.

ממשרד החינוך נמסר כי אין כל קיצוץ בשירות ההסעות וכי השירות ימשיך להינתן באותה מתכונת וכי התקציב לשירות זה מצוי בשלבי אישור של ועדת הכספים.