החוק מרחיב את המסלולים בהפרדה מגדרית באקדמיה לתארים מתקדמים: המוסדות להשכלה גבוהה יוכלו להציע מסלולי לימוד נפרדים לגברים ולנשים גם בלימודים לתואר שני ולתואר שלישי, לעומת המצב הקיים, שבו מסלולים נפרדים קיימים רק במכללות, לתואר ראשון. ראשי האוניברסיטאות הביעו התנגדות לחוק, והעלו חשש מכך שנוסחו יכשיר הפרדה מגדרית גם במרחבים כמו ספריות וקפיטריות.

"החוק שעבר הלילה לא ייטיב עם חרדים או עם החברה הישראלית", אמרה פרופ' יופי תירוש מהפקולטה למשפטים באוניברסיטת תל אביב, מחברת הספר "הופרדנו כך: מורה נבוכים להפרדה מגדרית". "החוק לא רק יוצר גטאות אקדמיים לחרדיות ולחרדים, אלא גם מתיר פרקטיקות משפילות בספריות ובקפיטריות, באופן שלא נהוג אפילו באיראן או בערב הסעודית. לבסוף, החוק פותח את הלימודים בהפרדה גם לדתיים לאומיים, ולמעשה לכל מי שרוצה – ובכך עושה עוד צעד להפיכתה של ישראל למדינה דתית פונדמנטליסטית".