חמישה חודשים בלבד לאחר שמונה לתפקידו, הודיע יושב ראש רשות המטרו, עוזי יצחקי, על סיום תפקידו. יצחקי, היה יושב הראש הראשון של הרשות, שהוקמה ב-2022, ופעלה ללא יו"ר במשך למעלה משנתיים, עד מינויו לתפקיד.
יצחקי, שנבחר לאחרונה פה אחד, התקבל בהסכמה בין משרדי האוצר והתחבורה. אך בווינט נכתב כי, על פי מקורות שלא נחשפו, יצחקי עוזב על רקע אי הסכמות עם השרה מירי רגב. במשרד התחבורה הכחישו את הטענות: "בניגוד לנטען, אין כל מחלוקת בין הנהלת המשרד לבין מר עוזי יצחקי. הערב עתיד להתקיים דיון שנקבע לפני מספר שבועות לגיבוש המבנה הארגוני, וזאת בהמשך לדיונים קודמים שנערכו בנושא זה. הטענה על הקפאת תקנים ושכר היא בדיה גמורה".
רשות המטרו הוקמה ב-2022 במטרה למנוע עיכובי בירוקרטיה ולהאיץ את הקמתו של המטרו. מאז ועד היום, כאמור, עמד בראשה יושב ראש לחמישה חודשים בלבד, והקמתו של המטרו, שבמקור תוכננה להסתיים בשנת 2030, נדחתה. בעדכונים האחרונים לגבי הנושא, נראה כי על אף שחלקים ממנו יחלו לפעול עד 2030, חלק מהתחזיות מניחות שבנייתו תסתיים רק בשנת 2040.
לא מדובר אז על מצב חריג במשרד התחבורה. עד סוף 2024, עמדה גם רשות שדות התעופה ללא יו"ר במשך למעלה משנה וחצי של מלחמה, מצב חסר תקדים ברשות. שנתיים אלו גם נחשבו מהקשות בתולדות התעופה הישראלית, בשל משברי הטיסה בחלקים שונים של מלחמת חרבות ברזל. גם ברשות לבטיחות בדרכים, שהתמודדה אשתקד עם השנה הקטלנית ביותר בתאונות הדרכים מזה 18 שנים, עמד משרד המנכ"ל ריק במשך למעלה משנה, בטרם נבחר גלעד כהן לתפקיד, בדצמבר 2024.
בשני המקרים, נמתחה ביקורת על המשרד בקרב בכירים לשעבר, שטענו כי התפטרויות הבכירים ברשויות המדוברות הגיעו עקב מקורבותם לשרה הקודמת, מירב מיכאלי. על פי אותן האשמות, העיכוב במינוי בעלי התפקידים נגרם עקב ניסיונות של המשרד לוודא כי מקורביה של השרה רגב יבחרו.
